被挂靠企业对挂靠工程可以实行以下两种财务核算办法：
（一）报账制：挂靠工程财务核算功能在被挂靠企业范围内进行施工，挂靠方作为一个普通的项目管理部提供核算的原始单据，最终的财务核算经营成果是合同管理费。
案例分析：某“挂靠施工”工程造价10000元，发生合同成本8000元，营业税费率3%，双方商定的管理费率2%，工程质量保证金（尾款）500元。不考虑期间费用。被挂靠方核算过程如下：
1、被挂靠方的会计核算
（1）发生工程成本支出（收到挂靠方转来的材料发票等）
借：工程施工-合同成本 8000
贷：银行存款等 8000
（2）工程竣工结算
借：应收账款-建设单位 10000
贷：工程结算 10000
（3）收工程款9500（暂扣工程尾款5%）
借：银行存款 9500
贷：应收账款-建设单位 9500
（4）剩余利润=工程造价-管理费-合同成本-工程造价*营业税率=10000-10000*2%-8000-10000*3%=1500
（说明：此剩余利润为已扣除承担的营业税费的净额。挂靠方开具建筑劳务发票缴纳的营业税费，应由挂靠单位自己承担。）
挂靠方开具劳务1500元发票给被挂靠方时
借：工程施工-合同成本 1500
贷：应付账款-挂靠单位-项目 1500
（5）支付剩余利润（暂扣尾款质量保证金500于工程保修期满支付）（=1500-500尾款）
借：应付账款-挂靠单位-项目1000
贷：银行存款 1000
（6）收取建设单位工程尾款，支付挂靠方尾款质量保证金
借：银行存款 500
贷：应收账款-建设单位 500
借：应付账款-挂靠单位-项目 500
贷：银行存款 500
（7）确认收入、费用、营业税费用、计算税前利润
借：主营业务成本 9500
借：工程施工-合同毛利 500
贷：主营业务收入 10000
借：营业税金及附加 300
贷：应缴税费-应交营业税 300
税前利润=主营业务收入-主营业务成本-营业税金及附加=10000-9500-300=200
（实行报账制度，被挂靠方向挂靠方收取的管理费用自然就形成税后利润，不需要再缴纳营业税）
（8）缴纳营业税费
借：应缴税费-应交营业税 300
贷：银行存款 300
(9)建造合同完成，冲销“工程施工”和“工程结算”
借：工程结算 10000
贷：工程施工-合同成本 9500
贷：工程施工-合同毛利 500
2、挂靠方的账务处理
挂靠方在所有的该工程项目的采购活动中，应以被挂靠方名义取得合法有效票据，并交给被挂靠方进行报账。
（1）挂靠方收到被挂靠方的工程款时，处理为：
借：银行存款 8000
贷：其他应付款 8000
（2）挂靠方将成本票据（含该项目工程管理费）的结算单交付被挂靠单位时，凭签字认可的票据结算单处理为：
借：其他应付款 8000
贷：银行存款 8000
（3）挂靠方开具劳务1500元发票给被挂靠方，收到被挂靠方支付的剩余利润扣除质量保证金500元时
借：银行存款 1000
其他应收款——质量保证金 500
贷：主营业务收入 1500
（4）收到被挂靠方从建设方转来的质量保证金时
借：银行存款 500
贷：其他应收款——质量保证金 500
（二）总分公司制：挂靠工程作为被挂靠企业的项目分公司，以工程项目的存续为生命周期；在账务上，与被挂靠企业的款项往来属于“内部往来”；最终财务核算经营成果就是合同约定的管理费；项目分公司的核算制度要求与被挂靠企业保持一致；每个会计期末，被挂靠企业需要将其纳入编制汇总财务报表。挂靠方通过开具建筑业劳务发票合法收取剩余利润作为收入，计缴营业税、企业所得税；被挂靠企业将其合法计入施工成本并抵扣营业税费。