《金融工具确认和计量》准则规定，根据公司购买债券目的不同，可分为交易性金融资产、可供出售金融资产和持有至到期投资三类，由于公司投资债券的意图不同，因此投资期限与金额也会不同，下面分别就三种债券投资业务会计核算方法与新所得税法进行对比分析。
一、购买债券作为交易性金融资产的核算与税法差异分析
根据《金融工具确认和计量》准则以及应用指南规定，交易性金融资产，主要是指企业为了近期内出售而持有的金融资产，比如，企业以赚取差价为目的从二级市场购入的股票、债券、基金等。交易性金融资产企业应当按照取得时的公允价值作为初始确认金额，相关的交易费用在发生时计入当期损益。企业在持有以公允价值计量且其变动计入当期损益的金融资产期间取得的利息或现金股利，应当确认为投资收益。资产负债表日，企业应将以公允价值计量且其变动计入当期损益的交易性金融资产的公允价值变动计入当期损益。处置交易性金融资产时，其公允价值与初始入账金额之间的差额应确认为投资收益，同时调整公允价值变动损益。
案例一：2007年7月1日，光明公司从二级市场支付价款1020000元购入南钢公司发行的债券（每张价格为102元）债券10000张，另发生交易费用2040元（交易费用为成交金额的2%.）。该债券每张面值100元，剩余期限为2年，票面年利率为7%，每年4月1日付息一次，光明公司将其划分为交易性金融资产。2007年12月31日南钢债券的收盘价为108元，2008年4月1日收到债券利息为每张为7元，5月20日以每张103元价格转让，交易费用为2060元。
会计核算如下：
1．2007年7月1日购买时
借：交易性金融资产——成本 1020000
投资收益 2040
贷：银行存款1022040
2．2007年12月31日期末按照公允价值计量
借：交易性金融资产——公允价值变动 60000
贷：公允价值变动损益 60000
3．2008年4月1日收到利息
借：银行存款 70000
贷：投资收益 70000
4．2008年5月20日光明公司转让持有的全部南钢公司债券
借：银行存款 1027940
投资收益 52060
贷：交易性金融资产——成本 1020000
——公允价值变动 60000
同时，
借：公允价值变动损益 60000
贷：投资收益 60000
新准则对交易性金融资产核算方法体现的是公允价值计量属性，而税法体现的是成本计量属性。光明公司2007年7月1日购买股票时发生的交易费用2040元，会计上作直接投资收益的借方，减少利润，而按照新所得税法规定，购买股票发生的交易费应该计入投资的成本，因此需要纳税调增2040元：2007年12月31日投资的公司债券按照期末公允价值计量，升值60000元，企业会计一方面增加交易性金融资产的账面价值60000元，同时通过“公允价值变动损益”账户增加利润60000元，但是不增加应纳税所得额，因此需进行纳税调减60000元；2008年4月1日收到利息时，会计核算确认为投资收益，而税法规定投资公司债券收到利息需计入应纳税所得额，如果收到的是投资国债的利息则免税，因此本例中会计与税法对于收到的利息处理是一致的：2008年5月20日光明公司转让持有的全部南钢公司债券时，会计与税法存在的差异是由于投资成本处理的不同，因此需要转回，需要纳税调减2040元，因此新准则下交易性金融资产的会计核算与税法存在较大的分歧，必须认真对待。
二、购买债券作为持有至到期投资核算与税法差异分析
持有至到期投资，是指到期日固定、回收金额固定或可确定，且企业有明确意图和能力持有至到期的非衍生金融资产。因此，持有至到期投资的会计处理主要应解决该金融资产实际利率的计算、摊余成本的确定、持有期间的收益确认以及将其处置时损益的处理。
新准则规定，持有至到期投资应当按取得时的公允价值和相关交易费用之和作为初始确认金额。同时，在持有期间应当按照摊余成本和实际利率计算确认利息收入，计入投资收益。处置持有至到期投资时，应将所取得价款与该投资账面价值之间的差额计入投资收益。
案例二：腾飞发展股份公司2007年1月3日购入新钢股份公司2007年1月1日发行的五年期债券，票面利率12%，债券面值100元，腾飞发展股份公司公司按105元的价格购入800张，该债券每年付息一次，最后一年还本金并付最后一次利息。
会计处理如下：
1．2007年1月3日购入债券时
借：持有至到期投资——投资成本80000
持有至到期投资——利息调整4000
贷：银行存款84000
2．2007年12月31日计算利息并按实际利率法摊销溢价
实际利率法在计算实际利率时，如为分期收取利息，到期一次收回本金和最后一期利息的，应当根据“债券面值＋债券溢价（或减去债券折价）＝债券到期应收本金的贴现值＋各期收取的债券利息的贴现值”，并采用内插值法计算得出。
根据上述公式，先按10%的利率测试：80000×0．620921＋9600×3．790787＝86065>84000
再按11%的利率测试：80000×0．593451＋9600×3．695897＝82957<84000
根据内插值法计算实际利率＝10%＋（11%－10%）×（86065－84000）÷（86065－82957）＝10．66%，具体每年末计算利息摊销溢价金额见债券溢折价摊销表。
2007年12月31日确认投资收益摊销溢价为：
借：应收利息 9600
贷：投资收益 8954
持有至到期投资——利息调整 646
2008年12月31日－2012年12月31日确认投资收益摊销溢价核算方法同上。
3．最后一年偿还本金并付最后一次利息
借：银行存款 89600
贷：持有至到期投资——投资成本 80000
应收利息 9600
按照新所得税法规定，企业进行长期债券投资，利息收入纳税只考虑按照债券票面金额、票面利率计算的利息收入，不考虑折溢价因素，因此也不存在摊销问题，如果是投资国债则利息收入免税；因此在债券折溢价摊销、在中途转让以及到期收回投资时因为折溢价原因会涉及会计与税法的差异。结合本案例，公司2007年12月31日确认的投资收益是8954，但是计入应纳税所得额的是利息收入为9600，因此需要纳税调增646元，其他年份同理。到期收回投资时还需要进行4000元溢价的纳税调减。
三、购买债券作为可供出售金融资产的核算与税法差异分析
可供出售金融资产，是指初始确认时即被指定为可供出售的非衍生金融资产，企业购人的在活跃市场上有报价的股票、债券和基金等，没有划分为以公允价值计量且其变动计入当期损益的金融资产或持有至到期投资等金融资产的，可归为此类。
新准则规定，企业取得的可供出售金融资产为债券投资的，应按债券的面值，借记“可供出售金融资产－成本”科目，按支付的价款中包含的已到付息期但尚未领取的利息；借记“应收利息”科目，按实际支付的金额，贷记“银行存款”等科目，按差额，借记或贷记“可供出售金融资产－利息调整”科目；资产负债表日，应按票面利率计算确定的应收未收利息，借记“应收利息（可供出售金融资产－应计利息）”科目，按可供出售债券的摊余成本和实际利率计算确定的利息收入，贷记“投资收益”科目，按其差额，借记或贷记“可供出售金融资产－利息调整”科目；资产负债表日，可供出售金融资产如公允价值高于其账面余额的差额，借记“可供出售金融资产－公允价值变动”科目，贷记“资本公积——其他资本公积”科目；公允价值低于其账面余额的差额做相反的会计分录；出售可供出售的金融资产，应按实际收到的金额，借记“银行存款”等科目，按其账面余额，贷记“可供出售金融资产－成本、公允价值变动、利息调整、应计利息”科目，按应从所有者权益中转出的公允价值累计变动额，借记或贷记“资本公积——其他资本公积”科目，按其差额，贷记或借记“投资收益”科目。
案例三：腾飞发展股份公司2007年1月3日购入新钢股份公司2007年1月1日发行的五年期债券，票面利率12%，债券面值100元，腾飞发展股份公司公司按105元的价格购入800张，该债券每年付息一次，最后一年还本金并付最后一次利息。腾飞发展股份公司根据管理意图将该投资界定为可供出售金融资产。2007年12月31日新钢股份公司债券的收盘价为104元（具体情况与案例二相同）。
1．2007年1月3日购入债券时
借：可供出售金融资产——投资成本80000
可供出售金融资产——利息调整4000
贷：银行存款84000
2．2007年12月31日计算利息并按实际利率法摊销溢价（具体的实际利率、溢价摊销计算方法与持有至到期投资方法相同）
实际利率为10．66%（计算过程见案例二）
应摊销的溢价＝105×800×10．66%－100×800×12%＝646（元）
2007年12月31日确认投资收益摊销溢价为：
借：应收利息 9600
贷：投资收益8954
可供出售金融资产——利息调整646
3．2007年12月31日按照公允价值计量
12月31日对可供出售金融资产账面调整的金额＝104×800－（84000－646）＝83200－83354＝－154（元）
借：资本公积——其他资本公积 154
贷：可供出售金融资产——公允价值变动 154
4．2008年1月4日以每张价格104元出售，交易费用为交易金额的2%.
借：银行存款 83033.6
投资收益166.4
可供出售金融资产——公允价值变动154
贷：可供出售金融资产——成本 80000
可供出售金融资产——利息调整 3354
同时，
借：投资收益154
贷：资本公积——其他资本公积154
新准则对可供出售金融资产如属于债券，在投资时必须考虑债券的折溢价以及在计息时摊销问题，而税法没有此概念，应计入应纳税所得额的是按照票面金额、票面利率计算的利息收入和与债券投资成本相对应的转让收入，在投资过程中涉及会计与税法产生差异的原因是因为债券投资时的折溢价以及将来的摊销，在期末按照公允价值进行期末计价因为与“资本公积”挂钩，不计入当期损益，因此不涉及会计与税法的差异。结合本案例，2007年12月31日确认投资收益并摊销溢价，计入投资收益8954元，而计入应纳税所得额为9600元，需纳税调增646元（注：摊销溢价金额）该年末按照公允价值计量不涉及纳税调整。2008年1月4日转让债券时涉及到利润计算的金额是－（166．4＋154）＝－320．4元，但是涉及到应纳税所得额＝104×800（1－2%.）－84000＝－966．4，因此需纳税调减646元，产生差异的原因是溢价摊销产生的。
由于可供出售金融资产涉及折溢价会增加会计核算的难度和工作量，因此如果腾飞发展股份公司在购买债券时不考虑债券溢价因素，按照实际发生支出进行核算，则：
1．2007年1月3日购入债券时
借：可供出售金融资产——投资成本84000
贷：银行存款84000
2．2007年12月31日计算利息
借：应收利息9600
贷：投资收益9600
3．2007年12月31日按照公允价值计量
公允价值变动＝104×800－84000＝－800
借：资本公积——其他资本公积800
贷：可供出售金融资产——公允价值变动800
4．2008年1月4日以每张价格104元出售，交易费用为交易金额的2‰
借：银行存款83033．6
投资收益166．4
可供出售金融资产——公允价值变动800
贷：可供出售金融资产——成本84000
同时，
借：投资收益800
贷：资本公积——其他资本公积800
按照上述方法对可供出售金融资产进行核算，2007年12月31日计算利息会计与税法无差异，2008年1月4日转让时涉及的会计利润为－（166．4＋800）＝－966．4元，涉及到的应纳税所得额为＝104×800（1－2‰）－84000＝－966．4，因此会计与税法无差异。
因此根据上述两种方法的比较，如果可供出售金融资产金额较大，持有时间较长应该严格按照《金融工具确认和计量》准则进行核算，考虑折溢价及摊销问题，会计与税法则存在差异；如果可供出售金融资产金额低、时间不长，从会计核算重要性的角度，应采用第二种方法，投资债券时不考虑债券折溢价问题，简化了会计核算，同时也消除了会计与税法差异。
此外，对于购买上市公司发行的可转换公司债券，也应该作为可供出售金融资产核算，因为上市公司发行的可转换公司债券一般票面利率远远低于市场利率，购买可转换公司债券一般持有时间稍长，在时机合适时会转换为股票：另一方面购买可转换公司一般也不会持有至到期，因此作为可供出售金融资产比较合适。
综上所述，《金融工具确认和计量》准则的实施，对我国公司的债券投资业务进行了重新划分，对相关债券投资的会计核算方法进行了较大程度的调整，更多考虑的是公允价值计量方法以及资金的时间价值，因此与税法存在一定的差异，无认是纳税人还是税务机关必须认真对待，避免企业多交或少交企业所得税。