近年内地不断调整加工贸易政策，而沿海东部地区亦不再批出新的来料加工牌照，不少内地港商都转为三资企业，进行进料加工，但转型后却失去原本的税务优惠，利得税要倍增外，更被香港税务局追收最多7年税款差额，部分涉及资金数以百万元计，受影响企业逾400家。香港工业总会主席孙启烈表示，税局在金融海啸打击、订单急跌之际追收款项，只会加速企业倒闭，对香港和企业百害而无一利。
配合内地政策转为三资企业
孙启烈表示，现时香港税务局对厂家在内地的来料加工和进料加工，实行两种不同的征税方法，前者可以50：50的比例计算利得税，即仅一半的利润要在香港征税，且厂家在内地使用的机器也可享用折旧免税额，但当该部分企业转型为三资企业，进行进料加工时，香港税务局即指这些厂家不再符合享有相关的税务优惠，并向他们清查追收转型后未缴交的相关税款。
未能享受来料加工税务优惠
他指出，其实来料加工和进料加工本质上并没有分别，运作也大致相同，基本上是港商提供原材料或配件给内地的企业，待加工完成后再出口，因此税务局应该一视同仁，给来料加工和进料加工同样的评税方法。"我自己间公司在92年转型，但都在98年被税局追款。如果有问题，为何当年不通知我，要之后几年追款，这对企业造成很大的资金压力。系唔系要迫厂家将更多业务搬去内地，等第时唔使香港交税。"
税局重新评税厂家大失预算
孙启烈表示，当初厂家申请以50：50比例计算利得税和机器折旧免税额，已得到税务局批准，但税务局突然要求重新评定税款于理不合。同时，面对税务局要求即时补回大笔税款，厂家除了大失预算之外，也确实无法抽出资金应付。
至于机器折旧免税额方面，现时不少从事进料加工的厂家有提供机器给内地的加工厂免费使用，但税务局却往往以《税务条例》第39E条的反避税条文，来限制港商取得有关机器的折旧免税额。他认为，税务局既要求厂家就进料加工所得的利润全数课税，同时又不允许扣除其机器的免税额，实有违对纳税人公平的原则。
冀税例顾及加工贸易新形势
由于三资企业须以进料加工的形式从事加工贸易，如果特区政府不更改对进料加工的征税方式，企业决定转型时要考虑增加的税负，意欲会减低，最终影响国家推动产业转型升级的大政策。因此，工总促请税务局根据加工贸易发展的最新形势，重新演绎《税务条例》，并更改税务局评税的内部指引，让从事来料加工和进料加工的企业，得到同样的评税方法。
另外，工总建议税务局，容许从事进料加工的制造企业在符合税务原则的情况下，可以申请机器折旧免税额。同时，缩短税务局可重新评定企业利得税的年限，希望贴近外国的同类规定，其中不少外国地方把年限定在三至四年。最后，希望在企业提交了报税表后，如一年内税务局没有提出查问，则报税表应视作得到税务局同意。
工总立法会代表梁君彦表示，早前已就有关问题向特首曾荫权反映意见，但未有透露曾荫权的回应。孙启烈亦表示，曾向政务司司长唐英年和财经事务及库务局局长陈家强反映相关意见。
拟设港商销售中心助拓内销
另外，为了协助港商打入内销市场，工总计划在内地设立港商销售中心，长期展销香港公司的产品，中心地点未定，但数目可能多于一个，将考虑深圳、广东或东莞等交通便利之地。