国家税务总局《关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》（国税函[2010]39号）中规定，对跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）经营建筑企业所得税征收管理问题进行了明确：
1、实行总、分机构体制的跨地区经营建筑企业应严格执行国税发[2008]28号文件规定，按照“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的办法计算缴纳企业所得税。
2、建筑企业跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等），应汇总到总机构或二级分支机构统一计算，按照国税发[2008]28号文件规定的办法计算缴纳企业所得税。
3、各地税务机关自行制定的与国税函[2010]39号相抵触的征管文件，一律停止执行并予以纠正；对按照规定不应就地预缴而征收了企业所得税的，要及时将税款返还给企业。未按国税函[2010]39号要求进行纠正的，税务总局将按照执法责任制的有关规定严肃处理。
