1、委派会计与被派驻单位关系问题。
长期以来，单位会计特别是企业单位会计基本上都是由所在单位选拔产生，由于其个人经济利益和政治前途大多关乎和维系于所服务的单位，因而，单位会计在积极维护本单位利益和设法推进本单位发展方面便十分投入。而委派会计直接由服务单位以外的会计公司派出，其个人政治、经济利益直接源于会计公司，与所服务单位不发生任何经济纠葛，这就从经济关系方面客观地决定了委派会计很难像单位会计那样积极主动地为单位发展与繁荣倾心出力。目前有些委派会计在单位经营中投入不积极，不主动，言行举止冷漠，有些被从被服务单位考虑，由于委派会计是会计公司派来实施财务监督职能的单位之外的人员，这对于长期违规截留和占取国家利益的企事业单位来说，无疑是一种“眼中钉、肉中刺”，因而在思想意识上对委派会计产生某些戒备心理也是自然而然的了。这就使委派会计与单位领导、单位会计之间埋下了先天性关系危机隐患。
2、委派会计的专业知识、专业技能的适应性问题。
由于行业的不同，服务于此行业的会计工作也直接表现出与彼行业迥然各异的特点。特别是在会计科目的设置、会计报表的填列和对本行业内部经济部门实施会计管理与监督等方面尤为突出。如果委派会计不具备相应的行业知识基础，缺乏对所服务行业或单位基本业务情况及特性的了解，没有对相应行业会计知识和行业会计特殊操作技能的切实把握，欲发挥委派会计作用和实现委派会计管理体制的初衷是绝对不可能的。
3、委派会计的稳定性与会计人员的流动性之间的矛盾问题。
前述委派会计在单位财务工作中的既服务又监督的角色，客观地要求其必须具备相应的专业知识、专业技能。然而，这些知识、技能的取得，是与对单位生产经营底数的切实把握分不开的，不经过一定时间的行业熏陶，没有在实际工作中的切身摸索与锻炼，就不会有会计工作上的得心应手。所以，这就要求委派会计人员在同一单位（行业）的熟练性会计服务时间必须予以保证，即委派会计人员的相对稳定性不容忽视。但是，从委派会计的性质和会计工作的监督角度考虑，由于委派会计人员并不是工作和生活在真空里面，在实际工作中，它每时每刻都需要与被服务单位领导及同事接触，在长期的工作实践和生活交往中，特别是在被服务单位经济诱惑面前，对于思想意志和政治立场并不坚定的委派会计人员来说，一度忘记自己的身份和职责的现象很难说不发生。所以，从保障委派会计工作的有效性出发，实施委派会计干部岗位流动性制度也是必不可少的。各地之所以用会计委派制办法做为规范会计行为和保障国家利益实现的手段,也正是基于委派会计具有区别于单位会计的超脱性出发的，而超脱性的实现，在一定程度上是以委派会计人员的定期流动为基础的。事实上，目前一些地方正在实行的会计委派制也或多或少的涉及到流动性内容。然而，稳定与流动历来是同一矛盾的两个对立方面，过分强调其中的某一方都会直接损害另一方，如果二者关系处理不妥，就会直接影响到整个会计委派制工作的全面健康发展。
4、单位收支“决口”问题。
长期以来，单位会计工作一直是单位各项生产经营收支的汇集地，尽管有些单位从小集团利益出发私设了“小金库”，但由于外部监督力度不大，这些“小金库”的资金占有额并不是很大。然而，当委派会计进入单位并依法直接切入单位生产经营的时候，外部监督力度加大了，单位小集体或个人私利的活动范围便自然受到遏制。在这种情况下，为了维护单位局部利益或个人私利，一些习惯于乱开支、以公济私和违规经营的单位，极有可能就此将资金暗渡陈仓。在这里，“小金库”资金的加速膨胀和“两套账”的兴起便是首当其冲。如果监督不力，这些资金就会超出委派会计人员的视野，而客观游离于其管理与控制之外；如果这些资金长期失控，就会客观影响单位主体经营效益的下降，无疑也会直接降低委派会计工作效果，对于委派会计工作的长期健康发展造成难以弥补的影响。
5、委派会计对单位经营效益的关注问题。
做为生产经营单位，最重要的课题之一，是在经营业务饱和的情况下，通过增收节支最大限度地提高经营效益。会计，做为单位经营管理的主体，对单位经营效益的增长发挥着不可替代的作用。鉴于此，凡有志于单位发展的经营者都十分重视会计工作，在会计人员的选拔、任用及给予待遇等方面另眼相待。由于经营者的重视，特别是经济利益直接与会计人员挂钩措施的到位，极大地调动了单位会计人员的工作积极性，使其尽心尽力的为单位经营出谋划策。然而，委派会计的各种利益关系却维系于会计公司，虽然从监督角度考虑功不可莫，但从个人所得方面着眼，由于委派会计个人利益与被服务单位没有必然联系，所以要使委派会计真正地象单位会计一样倾心关注单位经营和经济效益提高，从情理上来说是不现实的。另外，就业务能力方面分析，由于委派会计相对于单位会计来说其在同一单位工作时间较短，因而在业务熟练程度和管理水平上也受到了限制，所以既便委派会计人员有心帮助单位提高经营效益也是力不从心的。因此说，无论从思想意愿，还是就业务能力，委派会计较之单位会计在提高单位经营效益方面都不会比单位会计高。
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