社会统筹医疗保险基金结余是社会统筹医疗基金收支相抵后的滚存结余。为了反映社会统筹医疗基金的结余，会计核算上，应设置“社会统筹医疗基金”科目。
期末结转“社会统筹医疗基金”收入时，应将“社会统筹医疗基金收入”科目期末余额转入“社会统筹医疗基金”科目，借记“社会统筹医疗基金收入”科目，贷记“社会统筹医疗基金”科目；期末结转“社会统筹医疗基金”支出时，应将“社会统筹医疗基金支出”科目期末余额转入“社会统筹医疗基金”，借记“社会统筹医疗基金”科目，贷记“社会统筹医疗基金支出”科目。
例1：年末某社会医疗保险机构将“社会统筹医疗基金收入”科目贷方余额60000000元结转到“社会统筹医疗基金”科目。其中，医疗保险费收入58479000元，利息收入1000元，上级补助收入630000元，下级上解收入370000元，财政补贴收入500000元，其他收入20000元。作会计分录如下：
借：社会统筹医疗基金收入——医疗保险费收入58479000
——利息收入1000
——上级补助收入630000
——下级上解收入370000
——财政补贴收入500000
——其他收入20000
贷：社会统筹医疗基金60000000
