职工医疗保险基金结余的核算主要是做好期末基金的结帐工作。即将职工医疗保险基金的收入和支出分别转入社会统筹医疗基金、个人帐户医疗基金和离休人员医疗基金帐户。职工医疗保险基金的结转方法有两种，一是“帐结法”，二是“表结法”。“帐结法”是指每月月末将收支类科目的期末余额（除“待转收入”科目外），全部转入三个基金类科目。结转后，收支类科目月末应无余额。“表结法”是指每月月末收支类科目的余额不需要结转到三个基金类科目，只有到年度终了时，才用“帐结法”将收支类科目（除“待转收入”科目外）的全部余额转入三个基金类科目。
上述两种结转方法各有优缺点，采用“帐结法”的优点是编表容易，期末编制“资产负债表”时，直接根据三个基金类科目的期末余额填列。缺点是期末结帐工作量大。采用“表结法”的优点是简化核算手续，缺点是编表难，期末（1～11月末）填列“资产负债表”所属基金类项目时，需要根据收支类科目的本期发生额或余额以及年初余额分析计算填列。
