国库集中收付制度的实行增加了财政宏观调控能力，如何结合会计委派制集中核算的业务特点，使会计核算中心的账务处理方法科学化、规范化成为关键。
一、本级财政部门统一调度会计核算中心资金的账务处理
本级财政国库管理部门根据财政资金的储备情况调用会计核算中心（某些地方称“会计工作站”）“基本户”银行存款，需出具合法的批件和收款收据。会计核算中心建立独立的核算体系，真实记录与本级财政国库管理部门发生的资金往来，代理单位的银行存款数额则不发生变动。
调出时，
借：暂付款——财政国库部门——明细科目（行政单位）
其他应收款——财政国库部门——明细科目（事业单位）
贷：银行存款—会计站基本户
调入时，作反方向会计分录。
二、本级财政国库管理部门根据各会计工作站备用金实有数，核拨部门预算款项的账务处理
1.本级财政国库管理部门拨入部门指标款时（资金没有发生空间位置转移），入账依据有单位收款收据、部门预算和预算审批表。
行政单位会计分录：
借：暂付款——财政国库部门——明细科目
贷：拨入经费——经常性经费
——专项经费
预算外资金收入
事业单位会计分录：
借：其他应收款——财政国库部门——明细科目
贷：财政补贴收入
拨入专款
事业收入——财政专户拨款
2.发生支出项目交由本级财政国库管理部门直接支付时，入账依据有发票、合同和工资表等。
行政单位会计分录：
借：经费支出——经常性支出
——专项支出
预算外支出
贷：暂付款——财政国库部门
——明细科目
属于固定资产的借固定资产，贷固定基金。
事业单位会计分录：
借：事业支出
专款支出
贷：其他应收款——财政国库部门——明细科目
属于固定资产的借固定资产，贷固定基金
3.授权会计核算中心支付时，入账依据有发票、合同和其他支出资料等。
行政单位会计分录：
借：经费支出——经常性支出
——专款支出
预算外支出
贷：银行存款——基本户存款
属于固定资产的借固定资产，贷固定基金。
事业单位会计分录：
借：事业支出
专款支出
贷：银行存款——基本户存款
4.本级财政国库管理部门通过银行划入上述部门预算指标款项时
借：银行存款——基本户存款
贷：暂付款——财政国库部门
——明细科目
其他应收款——财政国库部门——明细科目（事业单位）
