由于具体情况不同，会计核算中心管理软件的应用模式也不同。一般可分为县市级“会计核算中心”、乡镇“零户统管”、统发工资及行业/集团集中核算等形式。
县市省级“会计核算中心”
笔者认为，县市省级会计核算中心管理软件的核心思想是，集中资金账户、集中会计核算和财务管理，将会计的服务功能和监督功能融为一体。它通过建立核算管理、资金管理、报销管理等系统，结合财政改革的“收缴分离”、“收支两条线”和“会计委派”等管理措施，强化预算管理，控制经费支出，逐步实现“部门预算”和“国库集中收付”；从方法和制度上防止贪污腐败，减少铺张浪费，精简人员编制，提高会计工作的效率和质量，提高会计服务水平，达到从源头上防微杜渐的目的。同时它还应强调，软件系统应该帮助应用单位建立起与会计核算中心的运行和内部管理相适应的管理制度和方法，从制度上和操作上充分保证其核心思想的顺利实现。
在会计核算中心的“服务功能”方面，应重点解决以下两个方面的问题：其一是会计核算中心的“会计服务”（包括资金结算、会计核算、财务管理等）的功能是否能够顺利、方便、高效实现；其二是会计核算中心作为政府的服务“窗口”，其服务的效率和质量（包括各单位报账的等待时间、财务数据的准确性和及时性等）是否比分散式管理有较大的提高。
在会计核算中心的“监督功能”方面，应重点解决以下两个方面的问题：一是众多单位集中以后，如何有效地实施“预算控制”和“资金控制”，为今后实施的“部门预算”和“国库集中收付”奠定良好的基础；二是会计核算中心的“权力”非常集中，如何加强内部的“监督”和“控制”、降低和减少会计核算中心的内部管理风险（特别是领导的管理风险），防止产生新的问题。
乡镇“零户统管”
“零户统管”是以提高管理效益为目的，在单位会计主体和财务自主权不变的前提下，取消单位银行账户和会计，由财政或上级单位统一管理会计人员、资金结算和会计核算工作，融会计服务和监督为一体的一种新型的财务管理模式。
这种应用模式，通常是由乡镇财政所对所辖区域行政、事业单位取消银行账户，建立内部结算账户，将各单位的会计取消，并实施统一会计核算和管理。被统管单位可保留出纳，方便对账、交款和领款。建立“零户统管”中心以后，村账镇管、镇办企业管理财务都可以在乡镇财政所（或其他会计服务机构）进行。具体的作法是：
“一取消” 即取消单位所有的银行账户，各单位银行账户均为“零”，所有账户存款余额一律划转到财政专户。
“两直达” 即单位收入直达财政专户，支出从财政专户直达用款单位。
“三集中” 首先是资金结算集中，单位不再设会计，其现金、转账、收支结算业务由出纳集中到财政部门办理；二是会计核算集中；三是会计档案集中。
“四设立” 首先是设立“总会计”，负责综合指标分配、调整预算、审批监督；二是设立“资金会计”，在单位存款余额内办理资金转账、汇兑、支配现金等结算业务；三是设立“统管会计”负责办理编报报表、对账；四是设立“单位出纳”负责单位内部收支，预算外收入进入财政专户，定期将财务收支凭证交“总会计”审核，与“统管会计”办理收支凭证结算。
“五建制” 首先是建立综合财政预算制度；二是建立收支审批制度；三是建立会计凭证审核制度；四是建立现金双限制度；五是建立票据管理制度。
统发工资
统发工资（也称代发工资）是财政体制改革中的一种新的工资管理模式。它通过对行政、事业单位人员的工资由银行发放，实现“工资直达”，达到加强工资及其福利性支出管理、控制行政事业人员的恶性增长、控制和降低行政事业经费支出的目的。该模式的实施一般要求和编制管理部门、劳动人事部门和银行相联系，同时还应满足个人查询的需要。
行业/集团集中核算
行业应用模式
行业核算中心，是某一个行业采用会计集中核算，建立行业“会计核算中心”，实行“收缴分离”，集中资金、票据和会计档案管理。它具体的实施与乡镇“零户统管”应用模式基本相同。当然，如果会计核算的工作量较大，也可以采用县市省级“核算中心”模式。通常，这种模式适用于采用垂直管理的行业。实施行业会计核算中心，对于加强会计核算和预算监督、加强资金管理、提高办事效率和经济效益，都将起到积极的作用。
集团应用模式
在采用垂直管理的集团公司（如农场下属的队、企业集团下属的非独立核算等单位）内部，可以通过会计集中核算实现统一管理分支机构的预算、资金、统计、核算。
实施集团集中核算应用模式有着十分积极的作用。第一，财务集中到位，有效遏制了过去下属单位大手大脚花钱的习惯，降低了成本和费用支出；第二，集中或委派会计的立场有了根本转变，有效地抵制了过去下属单位为维护本单位而损害总公司利益的行为，保障总公司资金筹集、投放、运用、回收与分配等灵活动作；第三，基层会计信息的真实性得到保证、有助于上级领导层的正确决策、引导和整体调控；第四，可以实现统一调配资金，提高资金的使用效率；第五，会计人员的责任感和业务素质得到提高，会计基础工作得到加强。
