利息支出是指临时借款的利息支出。在以收付实现制作为记帐基础的前提条件下，所谓支出应以实际支付为标准，即资金流出医疗保险机构，标志着现金、银行存款的减少。就利息支出而言、给个人帐户计息，其资金并没有流出医疗保险机构，现金、银行存款并没有减少，因此，给个人医疗帐户计息不应作为利息支出列支。
临时借款的期限一般都较短，因此，利息支出的会计处理通常与临时借款的还款业务一并发生。社会医疗保险机构归还临时借款时，按借款本金，借记“临时借款”科目，按借款利息，借记“社会统筹医疗基金支出——利息支出”科目，按本息合计贷记“银行存款——支出户”科目。
例：某社会医疗保险机构支付银行临时借款本金60000元，借款利息5000元，依据银行计息通知单，作如下会计分录：
借：临时借款60000
社会统筹医疗基金支出——利息支出5000
贷：银行存款——支出户65000
