在职职工医疗费用先由个人医疗帐户支付，个人帐户用完后，先由个人自付，按年度计算。自付的医疗费超过本人年工资收入5%以上部分，由社会统筹基金支付，但个人仍要负担一定比例。个人负担的比例随医疗费用的升高而降低；超过本人年工资收入5%以上，但不足5000元的部分，个人负担10%～20%；5000元至10000元的部分，个人负担8%～10%；超过10000元的部分，个人负担2%～5%.上述规定属于国务院《扩大试点意见》的原则规定，具体如何操作，由各试点城市人民政府在国务院规定的范围内制定实施细则，具体明确。
上述规定明确了在职职工医疗保险费用的支付程序和负担水平为三段付费，即帐户段、自付段、共付段。
帐户段指在职职工就医先从个人帐户支付医疗费用；
自付段指个人帐户不足支付时，再由职工现金支付，全年自付费用限于本人工资的5%；
共付段指全年医疗费超过个人帐户结余基金与个人年工资5%之和的部分，由社会统筹基金与本人现金共同支付，随费用额增大，社会统筹给付比例递增，个人付费比例递减，分段计算再加总。
以镇江为例，假设镇江市某职工50岁，全年医疗费总支出16000元，其个人负担费用，分段计算如下：（注：镇江市45岁以上职工按本人工资7%（即单位缴纳6%加个人缴纳1%）分别记入个人帐户。
（1）个人医疗帐户基金：年工资总额×7%＝500元×12×7%＝420元。
（2）个人医疗帐户付后，现金支付年工资总额的5%：500元×12×5%＝300元。
（3）共同支付15280（16000元－420元－300元）元，分为三档：
0～5000元档，个人负担10%：（5000元－720元）×10%＝428元；
5000～10000元档，个人负担8%：5000元×8%＝400元；
10000元以上档，个人负担2%：6000元×2%＝120元。
以上合计：420＋300＋428＋400＋120＝1668（元），其中个人现金支付1248元，为医疗费总支出16000元的7.8%.
上述规定非常明确地指出了在职职工医疗保险费的开支范围，一是在职职工医疗费先在个人医疗帐户中开支；二是自付医疗费超过一定限额的部分在社会统筹医疗基金中开支。
会计上，在职职工报销的医疗费中应由个人医疗帐户负担的部分，在“个人帐户医疗基金支出——个人帐户医疗费支出”科目核算，即：借记“个人帐户医疗基金支出——个人帐户医疗费支出”科目，贷记“银行存款——支出户”、“暂付款”科目。在职职工报销的医疗费中应由社会统筹医疗基金负担的部分，在“社会统筹医疗基金支出——社会统筹医疗费支出”科目核算，即：借记“社会统筹医疗基金支出——社会统筹医疗费支出”科目，贷记“银行存款——支出户”、“暂付款”科目。
