医疗基金是指未纳入公费医疗开支范围内的事业单位，按照当地财政部门规定的公费医疗经费开支标准从收入中提取，并参照公费医疗制度有关规定用于职工公费医疗的开支。
医疗基金应按从事专业业务及其辅助活动的人员和从事生产经营活动的人员分别列入事业支出和经营支出的社会保障费。其计算公式为：
医疗基金提取额=职工人数*提取标准（预算定额）
按规定标准提取医疗基金时，其会计分录为：
借：事业支出——社会保障费
经营支出——社会保障费
贷：专用基金——医疗基金
在实际使用时，其会计分录为：
借：专用基金——医疗基金
贷：银行存款或现金
