商业企业经营的农业特产品，主要有烟叶产品、茶叶产品、水产品、牲畜产品、园艺产品、林木产品等，其采购成本包括支付的收购价款、税金等。
税金是指企业在收购免税农业特产品时，由收购者代扣代缴的生产环节应纳的农业特产税和在收购环节应由收购者缴纳的农业特产税两部分，即企业向农民收购某些农业特产品时，要按收购金额和法定税率缴纳农业特产税。该种税金本应由生产者缴纳，但为了集中税源和便于征收，现行税法规定由收购单位代扣代缴。对企业来说，农业特产品收购环节所缴纳的农业特产税和代生产者缴纳的农业特产税，作为农业特产品进价的组成部分，计入农业特产品的进价成本，但应扣除农业特产品收购价加农业特产税之和按抵扣率10%计算的增值税。
根据增值税原理，纳税人购进免税货物不能予以抵扣，这是国际上通行的做法。但各国都将购进免税农业特产品作为特例处理。这是因为：
一方面，对农民征收增值税是一个很困难的问题，大多数国家对农民都不征收增值税；
另一方面，农民本身虽不纳税，但农产品的投入物都是征收的，所以，农产品价格中含有增值税。如果购进免税农产品的价格中所含增值税不予抵扣，农产品的流通和以农产品为原料的轻纺产品的生产，必然存在重复征税因素。
因此，大多数国家在对农产品免税的同时，都允许扣除购进农产品价格中所含有的税金。根据有关资料测算，目前我国农业生产投入物成本约占农产品价格的70%，按原有14%的增值税税率计算，农产品价格中所含的比例约9.8%。因此，按整数10%作为购进农产品的抵扣率较为适宜（我国现行规定就按此比例）。
企业收购农业特产品，按实际支付的价款，借记“物资采购”，贷记“银行存款”或“现金”；计算收购的应税农业特产税之和与按10%的扣除率计算的抵扣税额，借记“应交税金——应交增值税（进项税额）”；按收购价款和应交农业特产税之和减去抵扣税额，借记“库存商品”，贷记“物资采购”。
［例］某经营农业特产品收购的商业企业，由采购员到某地收购水果，收购价格50000元。作会计分录如下：
支付收购价款时：
借：物资采购 50000
贷：现金 50000
缴纳农业特产税时：
设水果的农业特产税率为12%。
代扣应纳农业特产税＝50000／（1－12%）×12%＝56818×12%＝6818（元）。
借：物资采购 6818
贷：应交税金——应交农业特产税 6818
验收入库时：
计算应扣除的增值税＝（50000＋6818）×10%＝5682（元）
水果不含增值税成本＝50000＋6818－5682＝51136（元）
借：库存商品——水果 51136
应交税金——应交增值税（进项税额） 5682
贷：物资采购 56818