一、科目设置
按照规定，企业应在“应交税金”科目下设置“应交增值税”明细科目。“应交税金——应交增值税”科目的借方发生额，反映企业购进货物或接受应税劳务支付的进项税额和实际已交纳的增值税；贷方发生额，反映销售货物或提供应税劳务应交纳的增值税额、出口货物退税、转出已支付或应分担的增值税；期末借方余额，反映企业多交或尚未抵扣的增值税；期末贷方余额，反映企业尚未交纳的增值税。
在“应交税金——应交增值税”明细账中，应设置“进项税额”、“已交税金”、“销项税额”、“出口退税”、“进项税额转出”等专栏。其中：“进项税额”专栏，记录企业购入货物或接受应税劳务而支付的、准予从销项税额中抵扣的增值税额。企业购入货物或接受应税劳务支付的进项税额，用蓝字登记；退回所购货物应冲销的进项税额，用红字登记。
“已交税金”专栏，记录企业已交纳的增值税额。企业已交纳的增值税额用蓝字登记；退回多交的增值税额用红字登记。
“销项税额”专栏，记录企业销售货物或提供应税劳务应收取的增值税额。企业销售货物或提供应税劳务应收取的销项税额，用蓝字登记；退回销售货物应冲销销项税额的，用红字登记。
“出口退税”专栏，记录企业出口适用零税率的货物，向海关办理报关出口手续后，凭出口报关单等有关凭证，向税务机关申报办理出口退税而收到退回的税款。出口货物退回的增值税额，用蓝字登记；出口货物办理退税后发生退货或者退关而补交已退的税款，用红字登记。
“进项税额转出”专栏，记录企业的购进货物发生非正常损失以及其他原因而不应从销项税额中抵扣，按规定转出的进项税额。
企业也可以将“进项税额”、“已交税金”、“销项税额”、“出口退税”、“进项税额转出”等专栏内容在“应交税金”科目下分别设置明细科目进行核算。在这种情况下，企业可沿用三栏式账户，在月份终了时，再将有关明细账的金额结转到“应交税金——应交增值税”科目。
小规模纳税人商品流通企业可在“应交税金”科目下设置“应交增值税”明细科目，仍可沿用三栏式账户，核算企业应交、已交及多交或少交的增值税。
二、账务处理方法
（一）进项税额的核算
1.企业从国内购进商品：
借：商品采购等
应交税金——应交增值税（进项税额）
贷：银行存款等
2.企业接受投资转入货物：
借：应交税金——应交增值税（进项税额）
库存商品等
贷：实收资本
3.企业接受捐赠的货物：
借：应交税金——应交增值税（进项税额）
库存商品等
贷：资本公积
4.企业接受应税劳务（提供加工、修理修配劳务）：
借：应交税金——应交增值税（进项税额）
加工商品等
贷：银行存款等
5.购进免税农业产品：
借：应交税金——应交增值税（进项税额）
商品采购等
贷：银行存款等
6.企业进口货物：
借：应交税金——应交增值税（进项税额）
商品采购等
贷：银行存款等
7.企业购入固定资产：
借：固定资产
贷：银行存款等
8.企业购入货物或接受应税劳务直接用于非应税项目，或直接用于免税项目以及直接用于集体福利和个人消费：
借：商品采购等
贷：银行存款等
9.小规模纳税人企业购入货物及接受应税劳务：
借：商品采购等
贷：银行存款等
10.企业购入货物或接受应税劳务没有取得专用发票，而取得普通发票（不包括购入免税农业产品）：
借：商品采购等
贷：银行存款等
（二）销项税额核算
1.企业向外销售货物或提供应税劳务：
借：银行存款等
贷：应交税金——应交增值税（销项税额）
商品销售收入等
2.企业将委托加工或购买的货物分配给股东或投资者：
借：应付利润
贷：应交税金——应交增值税（销项税额）
商品销售收入等
3.小规模纳税企业对外销售货物或提供应税劳务：
借：银行存款等
贷：应交税金——应交增值税
商品销售收入等
4.企业将自产或委托加工货物用于非应税项目，按规定应视同销售计算应交增值税。其会计处理方法有两种：一种是将自产或委托加工货物用于非应税项目，直接作销售处理，则：
借：在建工程等
贷：应交税金——应交增值税（销项税额）
商品销售收入等
另一种方法，是企业将自产或委托加工货物用于非应税项目，一方面按税法要求按销售同类货物价格计算应纳税额，另一方面按自产或委托加工货物的成本直接结转其成本，不作销售处理。则会计分录为：
借：在建工程等
贷：应交税金——应交增值税（销项税额）
库存商品等
企业可根据具体情况确定。
5.企业将自产、委托加工的或购买的货物作为投资，提供给其他单位和个体经营者，按规定应视作销售计算应纳增值税：
借：长期投资
贷：应交税金——应交增值税（销项税额）
商品销售收入等
或：
借：长期投资
贷：应交税金——应交增值税（销项税额）
库存商品等
6.企业将购进、委托加工货物用于集体福利等，按规定应视同销售货物计算应交增值税。则：
借：应付福利费等
贷：应交税金——应交增值税（销项税额）
商品销售收入等
或：
借：在建工程
贷：应交税金——应交增值税（销项税额）
库存商品等
7.企业将自产、委托加工或购买的货物无偿赠送他人，应视同销售货物计算应交增值税：
借：营业外支出
贷：应交税金——应交增值税（销项税额）
商品销售收入等
或：
借：营业外支出
贷：应交税金——应交增值税（销项税额）
库存商品等
8.企业随同商品出售但单独计价的包装物，按规定应交纳增值税：
借：银行存款等
贷：应交税金——应交增值税（销项税额）
其他业务收入
企业逾期未退还的包装物押金，按规定应交纳的增值税额：
借：其他应付款
贷：应交税金——应交增值税（销项税额）
营业外收入
（三）出口退税的核算
按照规定，企业出口适用零税率的货物，不计算销售收入应交纳的增值税。企业在向海关办理报关出口手续后，凭出口报关单等有关凭证，向税务机关申报办理该项出口货物的进项税额的退税，企业在收到出口货物退回税款时：
借：银行存款
贷：应交税金——应交增值税（出口退税）
企业已办理出口退税后，发生退货或退关的，应补交已退回的税款：
借：应交税金——应交增值税（出口退税）
贷：银行存款
（四）进项税额转出的核算
企业购进的商品改变用途，用于在建工程、职工福利等，其进项税额应相应转入有关科目：
借：在建工程
或应付福利费
贷：应交税金——应交增值税（进项税额转出）
企业在财产清查中发现的库存商品等盘亏，按规定应转作“待处理财产损溢——流动资产损失”科目，其进项税额也应相应转入“待处理财产损溢——流动资产损失”科目，其会计分录为：
借：待处理财产损溢——流动资产损失
贷：应交税金——应交增值税（进项税额转出）
库存商品等
（五）交纳增值税税额的核算
一般纳税人商品流通企业按规定预缴增值税时：
借：应交税金——应交增值税（已交税金）
贷：银行存款
次月初结算上月税款时需要补交税款时，作与上述同样分录；收到退回多交的税款时，作如下会计分录：
借：银行存款
贷：应交税金——应交增值税（已交税金）
小规模纳税人商品流通企业预缴税款时，作如下会计分录：
借：应交税金——应交增值税
贷：银行存款
次月初结算时需要补交税款的，按补交税款作同样分录；需要退回多交的税款的，在收到退回的税款时，作会计分录：
借：银行存款
贷：应交税金——应交增值税
三、会计报表
按照规定，企业应设置“应交增值税明细表”，作为资产负债表的附表。