对于坏账准备金的处理，税法和会计处理的规定不同。国税发［2000］84号文件规定，经批准可提取坏账准备金的纳税人，除另有规定外，坏账准备金提取比例一律不得超过年末应收账款余额的5‰；年末应收账款包括应收票据的金额。财政部《关于印发＜股份有限公司会计制度有关会计处理问题补充规定＞的通知》（财会字［1999］35号）规定，公司的应收款项（包括应收账款和其他应收款）是否能够作为一项资产，列示于资产负债表上，应当按照资产的定义予以合理地确认和计量。计提坏账准备的方法、提取比例等由公司自行确定，但在确定坏账准备的计提比例时，应当根据公司以往的经验、债务单位的实际财务状况和现金流量的情况，以及其他相关信息合理地估计。《通知》还规定，对公司的坏账损失，只能采用备抵法核算。
在会计处理上，提取坏账准备金的方法主要有应收账款余额百分比法、账龄分析法和销货百分比法三种。由此可见，无论是提取坏账准备的依据，还是提取坏账准备的方法，其会计处理办法与税收的规定都存在较大差异。在年终申报所得税时应按照税收的规定进行纳税调整。
由于在进行会计核算时，对坏账准备的提取是采用“差额提取”的方法，因此，在年终申报缴纳所得税时，只能在当年度实际提取的坏账准备范围内进行调整。
如果企业当年度实际提取的坏账准备小于或等于税法规定的提取限额，则按实际提取数在税前扣除，不作任何纳税调整。其差额部分，在以后年度也不得补扣。
如果企业当年度实际提取的坏账准备大于税法规定的提取限额，则应当按照其差额部分进行纳税调整。
举例说明：某股份有限公司按账龄分析法提取坏账准备，2000年1月1日，坏账准备余额为30万元，应收账款余额为2000万元。若2000年12月31日坏账准备余额为50万元（本年度提取坏账准备20万元），应收账款余额为3000万元。则：
税法规定的坏账准备扣除限额＝（期末应收账款余额－期初应收账款余额）×5‰＝（30000000－20000000）×5‰＝50000元；本年度实际提取的坏账准备＝期末坏账准备余额－期初坏账准备余额＝500000－300000＝200000元；应调增应纳税所得额＝200000－50000＝150000元。
应该注意的是，国税发［2000］84号文件规定，提取坏账准备金的纳税人发生的坏账损失，应冲减坏账准备金；实际发生的坏账损失，超过已提取的坏账准备的部分，可以在发生当期直接扣除；已核销的坏账收回时，应相应增加当期的应纳税所得。这一规定与坏账准备的会计核算相同，在按上述方法进行纳税调整时，无需考虑应冲减的坏账准备（指实际发生的坏账损失）和新增加的坏账准备（指收回已核销的坏账）。