基本养老保险费等“四金”的会计处理，简单来说，“四金”一般都是企业从单位职工工资里面扣除的，叫做代交吧，在扣除时：借：应付工资，货：其他应交款-基本养老保险费等；在交纳的时候：借：管理费用-基本养老保险费或应付福利费等，其他应交款-基本养老保险费等，贷：银行存款等科目。
企业会计制度要求，基本养老保险金、医疗保险金、住房公积金、失业保险金，在“其他应交款”中核算，职工个人负担的部分一般在工资中扣除。其他应交款是指企业除应交税金、应付股利等以外的其他各种应交的款项，包括应交的教育费附加、矿产资源补偿费、应交住房公积金等。虽然制度中未明确把基本养老保险金、医疗保险金、失业保险金等社会保障性支出放在其他应交款中核算，但是很多行业的会计已经将这部分的社会保障性支出通过其他应交款中核算。
财政部关于企业为职工购买保险有关财务处理问题的通知（财企〔2003〕61号）规定，各类型企业按照《中华人民共和国劳动法》以及国家有关规定参加基本养老保险、失业保险、基本医疗保险等社会保险统筹，为职工缴纳的除基本医疗保险费以外的社会保险费，作为劳动保险费列入成本（费用），为职工缴纳的基本医疗保险费，从应付福利费中列支；由职工缴纳的社会保险费从职工个人的应发工资中扣缴。此条规定了社会保险费的基本处理原则，一是执行本通知规定的企业包括各类型、各所有制的企业；二是由企业负担的基本医疗保险，计提时，借记“应付福利费”，贷记“其他应交款”；三是由企业负担的基本养老保险、失业保险、工伤保险、生育保险，虽然文件只提到“作为劳动保险费列入成本（费用）”，未明确规定应在哪个具体的成本费用科目核算，但由于社会保险费是按国家规定统一上缴的一项收费，不是工资总额的组成部分，也就不属于生产成本中的直接人工，所以应该作为期间费用，直接记入管理费用科目。计提时，借记“管理费用”，贷记“其他应交款”；四是由职工个人负担的社会保险费，由企业代扣代缴，从职工工资中代扣时，借记“应付工资”，贷记“其他应交款－职工个人保险费”。
根据财政部财企（2000）295号文件精神，为了深化城镇住房制度改革，加快住房建设，停止住房实物分配后，企业住房周转金管理制度相应取消。通知第二点规定，从本通知施行之日起，企业不再实行住房基金和住房周转金管理金制度。通知第八点规定，企业根据国家规定，按工资总额的一定比例为本企业职工缴纳的住房公积金，计入成本（费用），并不得超过当地政府规定的缴交比例。缴纳住房公积金的本企业职工包括人事关系和工资关系均在本企业的固定职工、劳动合同制职工。应由个人缴纳的住房公积金，由职工个人支付，不得由企业负担。
企业应注意，虽然会计上要求按月发放的住房补贴通过“应付工资”科目进行核算，但是其并不作为随职工工资计入企业成本费用，不得作为职工福利费、工会经费、职工教育费的计提依据，也不作为计算缴纳住房公积金的基础。在企业所得税中计算应付工资调增数额时，应注意将按省人民政府规定标准发放的住房补贴（并不是一定企业发放的全部住房补贴）扣除。
例：某企业2005年的“应付工资”科目的发放额为30万元，其中住房补贴为10万元，按省人民政府规定的标准发放的住房补贴为8万元，企业职工人数为20人，当地准予税前扣除的工资为人均960元。税前准予列支的工资限额=20×960×12=20.4万元，应纳所得税调增的工资额=（30-8）-20.4=1.6万元。由于税收上仅允许扣除按省人民政府规定标准发放的住房补贴8万元，对企业多发放的2万元应作为工资薪金，所以，企业从工资总额中扣除的部分仅限于按省人民政府规定标准发放的部分。
另外企业发放的住房补贴无论是在企业所得税还是个人所得税中扣除，关键的问题还是发放的基数与比例要符合政策规定。目前，关于住房补贴的提取基数，尚有很多政策不明细之处。主要原因在于目前企业实行薪酬制度改革，对工资不再像以前一样划分为基本工资、工龄工资、各种补贴等名目，而是实行统一的一个数额的岗位工资，对于这种情况下，住房补贴的基数如何确定，尚没有明确的文件规定。对于企业职工来讲，如果不扣除，肯定不合理；如果按照企业发放的全部工资作为扣除基数，也是不合理的，因为政策规定只有按地方政府规定的比例与基数发放的部分才可以免征个人所得税。但按多少作为扣除基数合理且税收风险最小呢？笔者认为，对于发放工资不再分明细项目的企业，其员工免征个人所得税的住房补贴的基数最好是按企业计税工资来提取，这样税务检查时，也比较容易取得税务机关的认可。