增值税是以流转额为计税依据，运用税收抵扣原则计算征收的一种流转税。在现行的流转税会计处理规定中，增值税会计处理是最受关注且引起争议最多的一个。财政部对增值税的会计处理进行了统一和规范，要求增值税核算采用价税分离模式，这更多地体现了税法的要求，但却存在不少缺陷，影响了会计信息质量。
一、现行现行增值税会计处理存在的缺陷
l、税金的核算违背了明晰原则。主要表现在“应交税金”科目的展性混淆不清。“应交税金”科目期末若有借方余额表示尚未抵扣的进项税额，这在形式上符合资产类科目的特点，而且在内容上已属于企业的资产。因为进项税额实质上是上一个销售环节的纳税人向国家交纳增值税后，将大部分税款转移到本企业，再由本环节纳税人继续向下一环节纳税人转嫁或向国家申请退税。因此，进项税额是货物总价的组成部分，属于企业的流动资产；
而“应交税金 应交增值税”科目性质上尼企业的流动负债，因而“应交税金”的两个明细科目，一个是资产，一个是负债，这就使得本来清晰简单的经济业务模糊，其属性含混不清。
2、违背了“及时，性”原则。我国增值税专用发票实行抵扣制，最初采用的是“累到扣税法”，即企业收到抵扣联就能抵扣进项税额。这使得企业间相互开具专用发票，造成税款后移，国家的资金被长期占用。到1995年改为“货到扣税法”、“付款扣税法”，但也会出现这样的情况，即企业如果取得增值税专用发票进行会计核算和处理，会出现超前抵扣，使企业的流动资金被占用，影响财务成果，如果抵扣时进行账务处理，就不符合会计核算的“及时性”原则。
3、存货成本缺乏可比性。按规定，企业向一般纳税人购进货物，进项税额可以抵扣，单独设科目核算，不允许抵扣的则计入所购货物成本，这样就造成了同一会计主体因货物来源不同而使相同货物成本缺乏可比性，也造成不同会计主体因属于不同类型的纳税人，即使是以相同的价格从同一供应商处购入相同的货物，或以同一含税价格销售相同的货物，其购货成本、销售额亦可能不同，进而导致了销售收入、销售成本、损益的不可比。
4、计算的时间限定与权责发生冲突。销售货物或劳务与购买货物或劳务是一个问题的两个方面。在销官方按权货发生制确认收入并相应确认增值税销项税额的同时，购买方也要对购买成本和相应的增值税进项税额予以确认。为了保证计算应纳税额的合理、准确，税法对销官货物或劳务应计人当期销项税额的时间加以限定。同时，对计人当期进项税额的时间也加以严格限定。这些规定在许多方面与会计要素的确认时间相一致。但二者也有矛盾之处，体现在：第一，税法规定工业企业购进货物（包括外购货物所支付的运输费用），必须在购迸的货物已验收入库后，才能申报抵扣进项税额，对货物尚未到达企业或验收入库的，其进项税额不得作为纳税人当期进项税额予以抵扣。第二，税法规定一般纳税人购进应税劳务，必须在劳务费用支付后，才能申报抵扣进项税额；对接受应税劳务，但尚未支付款项的，其进项税额不得作为纳税人当期进项税额予以抵扣，但上述规定违反了权贡发生制原则。另外，企业的增值税交纳是在产品销售的基础上，计算出应交增值税的销项税额，并扣除已购入原材料所支付的进项税额后，再核算本期应纳的实际税额。而当期所购入的原材料并不一定全部被消耗在当期已销的产品中，从而导致当期增值税的多少与当期已实现的销售收人中的“法定增值额”的多少失去了客观联系，也违背了“权贡发生制”原则。
5、造成资产负债表结构信息失真，不能正确反映企业的财务状况。待抵扣税在会计内涵上就是企业的耗费或占用，在未抵扣前应作为企业的资产，在资产负债表上予以揭示，而会计操作上把不得抵扣选项税额作为未交税金的抵减项目，直接冲减企业负债，导致财务状况失真。目前，生产性企业为保持生产的持续、稳定，经常一次性购人大量原材料，商业企业也会由于季节性销售需准备足量的库存商品，现行进项税额是“货到扣税法”、“付款扣税法”，会造成在会计月度末“应交税金 —— 应交增值税”科目出现较大数额的借方余额。从而无偿占用国家资金，而且将这一笔资产与负债中的“未交税金”混合列示，必将造成资产负债表信息失真。
二、改进的对策
1、针对上述存在的前两种缺陷，笔者认为应突破现行增值税会计处理框架，增设“增值税”科目。该科目属于资产类。其下可根据需要设二级科目 如“待扣税金”、“减免税额”、“进项税额转出”、；出口退税“等明细科”目。具体业务处理程序如下：
（1）针对进项税额抵扣时间所出现的问题，应将工业企业申报抵扣的进项税款的时间改为货到付款后。当企业赊购货物时，借记“原材料”和“增值税 ——待扣税金”科目，贷记“应付账款”科目等支付货款时，若进项税额符合税法规定的可抵扣的各项条件，再借记“应交税金应交增值税”、货记 “增值税待扣税金”。
（2）当改变购入货物用途用于非应税项目、免税项目或发生非常损失，会计上按货物成本，借记有关成本、费用科目，贷记“原材料”等。税务上则应将这些货物的进项税额转出，借记“增值税减免税款”和“增值税进项税额转出”，贷记“应交税金应交增值税（进项税额转出）”。
（3）当发生出口退税业务时，实行免、抵、退的生产企业，计算出当期可抵扣或退税的税额，税务上借记“增值税——出口退税”、贷记“应交税金——应交增值税 （进项税额转出）”。
（4）月末，“增值额”科目余额只能在借方，表示尚未抵扣的进项税额，也就是月末未转嫁的流动资产，从而划清“应交税金”科目混淆不清的界限。“应交税金——未交增值税”科目贷方表示转入的未交增值税，借方表示已交增值税，不再区税款的时间界限，从而统一增值税的会计处理。
2、针对存货成本缺乏可比性这一缺陷，目前许多研究者都认为：购进货物，不论是增值税专用发票还是普通发票，都采用价税分离的方法核算存货成本，对于普通发票中不能抵扣的增值税记大“管理费用”科目。笔者认为这种方法是可取的，这对企业是一种制约，又符合成本法则和税则。
3、针对增值税的确认违背“权责发生制”原则，笔者认为可将税务核算的“权责发生制”改为“收付实现制”。目前，国际上已通行“收付实现制”，从根本上解决款项收付与税款缴纳脱节的矛盾。我国要解决这一矛盾，也只有加快与国际会计准则接轨的步伐。在销售产品时在“应交税金”科目下增设“待增税金”明细科目。这样当赊销产品时，根据开具的增值税专用发票借记 “应收账款”，贷记“应交税金 待增税金”和“产品销售收入”，待收取货款后再借记 “应交税金待增税金”，贷记“应交税金应交增值税”。这样处理，不仅不会影响国家的税收收入，还能避免购货方提前扣减增值税，而销货方提前纳税的现象，有利于公平税负、促进企业间公平竞争。
4、在编制资产负债表时，在流动资产项目内增设“增值税”一栏，期末将“增值税”余额填入此栏，而“应交税金”科目期末余额列入“未交税金”项目中，从而解决了资产负债表结构失真问题和“应交税金”混淆不清的情况。