工程成本中除了上文所说的各项直接费外，还包括施工单位组织施工、管理所发生的各项费用。这些费用，虽为组织施工、管理所必需，但是不能确定其为某项工程成本所应负担，因而无法将它直接计入各项工程成本。为了简化核算手续，都将它先记入“施工间接费用”科目，然后将它分配计入各项工程成本。
施工间接费用的内容，一般包括：
1.管理人员工资指施工单位管理人员的工资、工资性津贴、补贴等。
2.职工福利费 指按照施工单位管理人员工资总额的一定比例（目前为14%）提取的职工福利费。
3.折旧费指施工单位施工管理使用属于固定资产的房屋、设备、仪器等的折旧费。
4.修理费指施工单位施工管理使用属于固定资产的房屋、设备、仪器等的经常修理费和大修理费。
5.工具用具使用费指施工单位施工管理部门使用不属于固定资产的工具、器具和检验、试验、消防用具等的购置，摊销和修理费。
6.办公费指施工单位管理部门办公用的文具、纸张、账表、印刷、邮电、书报、会议、水电、烧水和集体取暖用煤等的费用。
7.差旅交通费指施工单位职工因公出差、调动工作的差旅费、住勤补助费、市内交通和误餐补助费、上下班交通补贴、职工探亲路费、职工离退休退职一次性路费、工伤人员就医路费，以及施工单位管理部门使用的交通工具的油料、燃料、养路费、牌照费等。
8.劳动保护费 指用于施工单位职工的劳动保护用品和技术安全设施的购置、摊销和修理费，供职工保健用的解毒剂、营养品、防暑饮料、洗涤肥皂等物品的购置费和补助费以及工地上职工洗澡、饮水的燃料费等。
9.其他费用指上列各项费用以外的其他间接费用。
施工单位发生的间接费用，在总分类核算上，应在“施工间接费用”科目进行。发生的各项施工间接费用，都要自“库存材料”或“原材料”、“低值易耗品”、“材料成本差异”、“应付工资”、“应付福利费”、“银行存款”、“现金”、“累计折旧”、“待摊费用”等科目的贷方转入“施工间接费用”科目的借方。
借：施工间接费用 20 538
贷：库存材料或原材料 l 900
低值易耗品 600
材料成本差异 50
应付工资8 500
应付福利费 1 190
银行存款 2 900
现 金 298
累计折旧 3 600
待摊费用 1 500
如施工单位搭建有为进行施工所必需的生产和生活用的临时宿舍、仓库、办公室等临时设施，应将其搭建支出先记入“递延资产”或“长期待摊费用”科目，然后分月摊销记入“施工间接费用”科目。
施工间接费用的明细分类核算，应按施工单位设置“施工间接费用明细分类账”，将发生的施工间接费用按明细项目分栏登记。
每月终了，应对施工间接费用进行分配。为了便于将施工间接费的实际水平与定额比较，以考核施工间接费用的节约或超支情况，施工间接费用在各项建筑安装工程之间的分配，可按照各项工程的施工间接费用定额（即为直接费或人工费的百分比，建筑工程一般按直接费的百分比，水电安装工程、设备安装工程按人工费的百分比）所计算的施工间接费的比例进行分配。
某项工程本期应分配的施工间接费用=本期实际发生的施工间接费用×{该项工程本期实际发生的直接费（或人工费）×该项工程规定的施工间接费用定额/∑[各项工程本期实际发生的直接费（或人工费）×各项工程规定的施工间接费用定额] }
在实际核算工作中，对于施工间接费用的分配，往往先计算本期实际发生的施工间接费用对按施工间接费用定额计算的施工间接费用的百分比，再将各项工程按定额计算的施工间接费用进行调整，即将上列算式改为：
某项工程本期应分配的施工间接费用=[该项工程本期实际发生的直接费（或人工费）×该项工程规定的施工间接费用定额]×{本期实际发生的施工间接费用/∑[各项工程本期实际发生的直接费（或人工费）×各项工程规定的施工间接费用定 额]}
如某施工单位在2000年7月份计发生施工间接费用20 538元，各项工程在7月份内发生的直接费和它们的施工间接费用定额如下：
101商品房建筑工程 直接费141 000元
施工间接费用定额为直接费的6%
102商品房建筑工程 直接费126 000元
施工间接费用定额为直接费的6%
151出租房建筑工程 直接费59 000元
施工间接费用定额为直接费的6%
则各项工程在7月份应分配的施工间接费用如下：
101商品房建筑工程：
141 000元×6%×[20538/（141000元*6%+126000元*6%+59000元*6% ）]
=8 460元×（20538/19560） =8 460元×105%=8 883元
102商品房建筑工程：
126 000元×6%×（20538/19560）=7 560元×105%=7 938元
151出租房建筑工程：
59000元×6%× （20538/19560）=3540元×105%=3717元