开发企业与施工企业在工程承包合同中规定的工程价款的结算，应根据国家有关工程价款结算办法，结合当地的有关规定具体确定。从目前各个地区所采用的工程价款结算办法来看，归纳起来，主要有如下三种。
1、按月结算就是按照每月实际完成的分部分项工程进行结算。因为建筑安装工程等虽具有个体性的特点，但不同的工程，都是由一定的分部分项工程构成的。每一个分部分项工程，都有一定的施工内容、质量标准和统一的计量单位，并在短期内可以完成。国家为了管理工程造价而制定的工程预算定额和地区预算造价，都是以分部分项工程为基础的。因此，根据验收合格的各月份的已完分部分项工程的工程数量和预算单价等计算的工程造价，就是各该月份应结算和支付的工程款。如果招标发包工程，工程标价与工程造价不同时，应按工程标价占工程预算造价的百分比进行调整计算。在具体做法上，各个地区也不尽相同，目前一般都实行月中预付、月终结算，即在月中按照当月施工计划所列的工作量一半预付，月末（实际为下月初）按照各工程当月实际完成工作量（即预算造价或调整计算后的工程标价）扣除月中预付款后进行结算。
2、分段结算就是将一个单位工程按形象进度划分为几个阶段（部位），如基础、结构、装饰、竣工等；按照完成阶段，分段验收结算工程价款。分段结算也可按月预付工程款，即在月中按照当月施工计划工作量预付，于工程阶段完成验收后按分段工程预算造价或调整计算后的工程标价扣除预付款后进行结算。
3、竣工一次结算开发项目或单项工程施工工期在12个月以内，或者工程承包合同价值较小的，可以实行工程价款每月月中预支、竣工后一次结算。即在工程开工后，每月按当月施工计划所列工作量预付工程款，于工程竣工验收后按工程承包合同价值扣除预付工程款后进行结算。
不论采用何种结算办法，施工期间结算的工程价款一般都不得超过承包工程合同价值的95%.结算双方可以在5%的幅度内协商确认尾款比例，并在工程承包合同中订明。尾款应专户存入银行，俟工程竣工验收后清算。但如承包施工企业已向开发企业出具履约保函或有其他保证的，可以不留工程尾款。
又由承包施工企业在开工前储备工程施工所需主要建筑材料、结构件的，发包开发企业可根据承包施工企业的要求，在签订工程承包合同后按年度发包工程总值的一定比例向承包施工企业预付备料款，于后期以抵充工程价款的形式陆续扣回。
在实际工作中，预付备料款的额度和扣回办法，在各个地区并不完全相同，当材料储备天数为4个月、材料费比重占工程造价75%的情况下，预付备料款的额度应为当年工程价值的25%.在累计已完工程价值达到当年发包工程价值的50%时，就可将超过发包工程价值50%部分的工程价款的50%，抵作预付备料款扣回。这样，到工程完工，扣回相当于发包工程价值25%（50%×50%）的全部预付备料款。不过随着生产资料的开放，施工所需的建筑材料、结构件，一般均可从当地市场随时采购，今后也就没有必要再预付备料款了。