非增值税专用发票抵扣凭证是指税收法律法规规定可以据以抵扣增值税进项税金的非增值税专用发票，主要有：运输发票、农副产品收购凭证、海关进口增值税专用缴款书（海关完税凭证）和废旧物资发票，也叫“四种票”（有些省市将代开的专用发票归入“四种票”中）。纳税人在抵扣“四种票”时要注意以下事项。
海关代征增值税专用缴款书
增值税一般纳税人取得所有需抵扣增值税进项税额的海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关完税凭证），应根据相关海关完税凭证逐票填写海关完税凭证抵扣清单，在进行增值税纳税申报时随同纳税申报表一并报送。
从3月份申报开始，纳税人除报送海关完税凭证抵扣清单纸质资料外，还需同时报送载有海关完税凭证抵扣清单电子数据的软盘（或其他存储介质）。未单独报送的，其进项税额不得抵扣。如果纳税人未按照规定要求填写海关完税凭证抵扣清单或者填写内容不全的，该张凭证不得抵扣进项税额。
增值税一般纳税人取得的2004年2月1日以后开具的海关完税凭证，应当在开具之日起90天后的第一个纳税申报期结束以前向主管税务机关申报抵扣，逾期不得抵扣进项税额；增值税一般纳税人取得的2004年1月31日以前开具的海关完税凭证，必须在2004年5月申报期前向主管税务机关申报抵扣，逾期不再予以抵扣。
增值税一般纳税人当期未取得海关完税凭证可不向主管税务机关报送海关完税凭证抵扣清单。
废旧物资普通发票
生产企业增值税一般纳税人购入废旧物资回收经营单位销售的废旧物资，可按照废旧物资回收经营单位开具的由税务机关监制的普通发票上注明的金额，按10％计算抵扣进项税额。
废旧物资回收经营单位不含个体经营者及其他个人。
废旧物资回收经营单位（以下简称废旧单位）应将销售废旧物资开具的普通发票逐票填写废旧物资发票开具清单（以下简称“废旧物资开具清单”），在进行增值税纳税申报时随同纳税申报表一并报送。
从2004年3月份申报开始，申报时纳税人要报送废旧物资开具清单纸质资料，同时报送载有废旧物资开具清单电子数据的软盘（或其他存储介质）。
废旧单位销售其收购的废旧物资，开具普通发票时，应加盖财务印章和开票人专章，生产企业增值税一般纳税人（以下简称生产企业）取得未加盖“开票人专章”的普通发票，不得计算抵扣进项税额。
增值税一般纳税人（以下简称纳税人）取得所有需抵扣增值税进项税额的废旧物资发票，应根据相关废旧物资发票逐票填写废旧物资发票抵扣清单（以下简称“废旧物资抵扣清单”），在进行增值税纳税申报时随同纳税申报表一并报送。
从3月份申报开始，纳税人报送废旧物资抵扣清单纸质资料，同时报送载有废旧物资抵扣清单电子数据的软盘（或其他存储介质）。未单独报送废旧物资抵扣清单纸质资料的，其进项税额不得抵扣。如果纳税人未按照规定要求填写废旧物资抵扣清单的，该张凭证不得抵扣进项税额。
增值税一般纳税人取得的2004年3月1日以后开具的废旧物资发票，应当在开具之日起90天后的第一个纳税申报期结束以前向主管税务机关申报抵扣，逾期不得抵扣进项税额；增值税一般纳税人取得的2004年3月1日以前开具的废旧物资发票，必须在2004年6月申报期前向主管税务机关申报抵扣，逾期不再予以抵扣。
生产单位取得2004年3月1日前开具的未加盖“开票人专章”的废旧物资发票允许抵扣进项税额，可暂不填写废旧物资抵扣清单《销货方纳税人识别号》和《销货方纳税人鞴芩拔窕卮搿防浮？
废旧单位当期未开具废旧物资发票，增值税一般纳税人当期未取得废旧物资发票可不向主管税务机关报送废旧物资开具清单或废旧物资抵扣清单。
农产品收购发票
增值税一般纳税人向小规模纳税人购买农产品，可按照《财政部、国家税务总局关于提高农产品进项税抵扣率的通知》（财税［2002］12号）的规定依13％的抵扣率抵扣进项税额。
从2002年1月1日起，增值税一般纳税人购进农业生产者销售的免税农业产品的进项税额扣除率由10％提高到13％。
运费发票
准予抵扣的货物运费金额是指在运输单位开具的货票上注明的运费、建设基金，不包括随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费。
从1998年7月1日起，将增值税一般纳税人购进或销售应税货物支付的运输费用的扣除率由10％降低为7％。
纳税人购买或销售免税货物所发生的运输费用，不得计算进项税额抵扣。
纳税人购进、销售货物所支付的运输费用明显偏高，经过审查不合理的，不予抵扣运输费用。
运输单位提供运输劳务自行开具的运输发票，运输单位主管地税局及省级地税局委托的代开发票中介机构为运输单位和个人代开的运输发票准予抵扣。其他单位代运输单位和个人开具的运输发票一律不得抵扣。
纳税人取得所有需计算抵扣增值税进项税额的运输发票，应根据相关运输发票逐票填写增值税运输发票抵扣清单，在进行增值税纳税申报时，除按现行规定申报报表资料外，还需增加报送增值税运输发票抵扣清单。纳税人除报送清单纸质资料外，还需同时报送增值税运输发票抵扣清单的电子信息。未单独报送增值税运输发票抵扣清单纸质资料及电子信息的，其运输发票进项税额不得抵扣。如果纳税人未按规定要求填写增值税运输发票抵扣清单或者填写内容不全的，该张运输发票不得计算抵扣进项税额。
纳税人取得的2003年10月31日以后开具的运输发票，应当自开票之日起90天内向主管国税局申报抵扣，超过90天的不得予以抵扣。
从2003年12月1日起，国税局对增值税一般纳税人申请抵扣的所有运输发票与营业税纳税人开具的货物运输业发票进行比对。凡比对不符的，一律不予抵扣。对比对异常情况进行核查，并对违反有关法律法规开具或取得货物运输业发票的单位进行处罚。
