现行外贸公司出口货物应退增值税税额，依进项税额计算，具体计算公式为：应退税额＝出口货物数量×加权平均进价×退税率，其退税依据是外贸企业购进出口货物的进价。而生产企业自营（委托）出口应退的增值税是执行“免、抵、退”或“先征后退”，出口退税的税额取决于出口的离岸价销售收入及其进项税额。
在日常税收管理中，大部分企业采用自营出口或委托外贸公司出口的形式，也有部分企业是把货物销售给外贸公司出口，由外贸公司办理出口退税的形式。这两种形式由于在退税方面采用不同的退税方式，由此也会产生不同的结果。
一、企业直接自营出口举例：如东台市某化工有限公司，主要以化工产品出口为主，2004年度自营出口销售额10461万元（暂不考虑内销货物的销售额），可抵扣的进项税额为870万元，该公司自营出口执行“免抵退”税政策，征税率为17%，退税率为13%，则2004年自营出口销售额10461万元全免。由于退税率的差异，应作进项税额转出：10461×（17%－13％）=418.44万元，应退税额的计算：①10461×13%=1359.93万元，②应纳税额＝销项税额一进项税额=0－（870－418.44）=－451.56万元，取①②两数较小者为应计算的应退税额，则应退税额为451.56万元，①②两数的差额=1359.93－451.56=908.37万元，退税扣减征税后该企业实际可得到的税收补贴为451.56－0=451.56万元。
二、企业委托关联外贸公司出口
若上述公司在外地有关联外贸公司，东台市某化工有限公司把产品以同样的价格销售给关联外贸公司，关联外贸公司再以同样的价格销售到境外，东台市某化工有限公司开具增值税专用发票价税合计10461万元，则东台市某化工有限公司应纳增值税为10461÷（1+17%）×l7%－870=649.97万元，外贸公司可得到退税10461÷（1+17%）×13%=1162.33万元。税务机关征税649.97万元，退税机关退税1162.33万元，东台市某化工有限公司、关联外贸公司两公司实际可得到的税收补贴为1162.33－649.97=512.36万元。
通过以上例子，我们不难发现，为什么同样的外销收入，却产生截然不同的结果。
从征税机关来看，前者东台市某化工有限公司自营出口可征税0万元，后者却能征税649.97万元，相差达到649.97万元。显然，企业自营出口不利于征税机关，因为多征的649.97万元可以作为税收收入任务，对地方财力来讲，也相对有利。
从退税机关来看，前者东台市某化工有限公司自营出口可退税451.56万元，后者却能退税1162.33万元，相差达到710.77万元。显然，自营出口企业如在外地办理关联外贸企业可多享受国家退税。
从东台市某化工有限公司、外贸公司两公司来看，自营出口实际得到的税收补贴是451.56万元，而通过外贸出口实际得到的税收补贴是512.36万元，两者相差达到60.8万元。显然，通过关联外贸公司出口对东台市某化工有限公司更加划算。
我们经过计算发现，产生以上原因在于以下几个方面：
从征税方面来看，产生征税差异是由于计税价格的不同造成的，即由于自营出口的计税价格是按离岸价全部收入计算，而产品销售外贸出口的计税价格是按不含税的收入计算应纳税额。从上面例子可以看出，前者计税价格是10461万元，后者计税价格是10461÷（1+17%）=8941.0256万元，相差1519.9744万元，必然产生1519.9744×17%=258.40万元的征税差额。
从退税方面来看，产生退税差异是由于退税的计算依据不同造成的，即由于前者是按出口的离岸价10461万元计算出口退税，后者是按销售额给外贸的价格10461÷（1+17%）=8941.0256万元计算出口退税，也即相差1519.9744万元，必然产生1519.9744×13%=197.60万元的退税差额。
征税率与退税率的不同，是造成出口企业实际得到税收补贴差异的根本原因。在征税率与退税率一致的情况下，企业实际得到的税收补贴数额将一样。如上例，在退税率提高到17%的情况下，前者应退税额为870万元，扣除征税0万元，实际得到的税收补贴是870万元。后者应退税款为1519.97万元，扣除征税649.97万元，实际得到的税收补贴也是870万元。
当然，企业走出去办理关联外贸企业也面临着一定的风险和压力。1.筹集期间需要一定的开办费；2.人员的工资以及熟练办理出口报关人员的费用；3.需要缴纳随销售收入附征的一些费用，如我市主要按销售收入征收综合费用率按千分之二缴纳；4.地方保护主义的压力，有些大中城市已开始提高办理流通型外贸公司的门槛，办理相关手续可能较烦琐；5.出口退税率仍将不断下降，现已平均下降4%，近期据了解有可能仍要下降，企业出口成本将不断加大；6.企业也需承担一些先征税后享受出口退税的资金压力，也包括缴纳这些资金所负担的利息，这对于企业来说，自营出口的成本会不断加大，企业也应采取相应的措施消除成本增加的压力。
