由于我国会计处理和税法规定之间存在着一些差异，因此会计人员常常会在增值税的会计处理过程中出现以下一些问题。
1.以旧换新、还本销售、以物易物等特殊方式不作销售处理
以旧换新是纳税人销售货物的同时，有偿收回旧货物的形式，应按新货物的同期销售价格计算销项税额，不得扣减旧货物的回收价格。
还本销售是纳税入在销售货物后，在一定期限内由销售方一次或分次退还购货方部分或全部价款。还本销售的销售额就是货物的实际销售额，而不得从销售额中扣减还本支出。
以物易物是购销双方不以货币而以同等价格的货物互相结算以实现货物销售的一种方式。以物易物双方都必须做购销处理，以各自发出的货物核算销售额计提销项税额，以各自收到的货物核算购货成本计提进项税额。
2.折扣销售混同于销售折扣
折扣销售是销货方在销售货物或应税劳务时，因购货方数量较大等原因而给予购货方的价格优惠。因折扣是在实现销售时同时发生的，如果销售额和折扣额在同一张发票上分别注明的，可按折扣后的金额作为销售额计提销项税额；如果折扣额另开发票，不论会计上如何处理，都不得从销售桶中扣除折扣额。
销售折扣是销货方在销售货物或应税劳务后，为鼓励购货方及早偿还货款而给予的折扣优惠，它发生在销售货物之后，是一种融资性质的理财费用，因此销售折扣不得抵减销售额。
另外，销售折让是货物销售后，由于其品种、质量等原因，为避免购货方退货而给予的一种价格折让。二者虽然都是发生在销售货物之后，但销售折让的实质是原销售额的实际减少，所以可以按折让后的金额作为销售额计提销项税额。
如果销货方将自产、委托加工或购买的货物用于实物折让，则实物金额不得从销售额中扣减，而应按视同销售处理。
3.视同销售业务视而不见或一概而论
纳税人将自产、委托加工的货物用于非应税项目或集体福利、个人消费，或将自产、委托加工、购买的货物分配给股东、投资者或无偿赠送给他人时，应桉视同销售计算增值税。但在实际执行过程中，有的纳税人根本不做销售处理，有的虽做销售处理，但对于是否开具增值税专用发票，如何确定计税价格，是否涌过“产品销售收入”账户核算等各行其是。
纳税人将自产、委托加工的货物用于非应税项目、集体福利部门或无偿赠送给社会公益部门，应计提销项税额，但不得开具专用发票，不通过“产品销售收入”账户核算直接结转成本。
纳税人将自产、委托加工、购买的货物用于投资、无偿赠送给一般纳税人时，可开具专用发票，以便于接受单位进行进项抵扣，也不通过“产品销售收入”账户核算。
纳税入将自产委托加工、购买的货物分配给股东、投资者时，直接以货物流出的形式体现货币流出，应计提销项税额，开具专用发票，并通过“产品销售收入”账户核算。
