自改革开放以来，伴随着商业零售企业的逐渐崛起，一些增值税问题逐渐浮出水面，在一定程度上困扰着税企双方。
一、存在的主要问题及分析
（一）对假发票的识别防范能力弱
目前，商业零售企业对假发票防不胜防，识别假发票的能力是非常弱的。究其原因，主要有以下几个方面：
1.识别真伪发票的信息化技术建设尚未运用到所有发票管理之中。
随着经济的发展，发票的使用、开具数量也与日俱增。如何管理好大批量的发票，识别、鉴定发票真伪，已成为税收实践中的一个非常重要的问题。目前，一些不法分子在高额利润的驱使下，制售假发票的犯罪行为不仅屡禁不止，而且其手段和技术也不断升级。而税务机关除对防伪税控机开具的专用发票，已能通过发票认证、交叉稽核的方式有效识别真伪以外，税企双方对手工专用发票、普通电脑票、普通发票还是采用原始的眼看、手摸的方式加以鉴别，因而很难收到成效。
2.普通发票格式、版本不统一，增加了识别防范假发票的难度。
目前，国家仅对增值税专用发票的格式、防伪标识进行了规范，普通发票由各地税务机关自行管理，这就造成了普通发票的多种多样。从各地普通发票种类来说，有的地方统称为工商业销售发票，有的地方又将其细分为工业企业销售发票、商业企业销售发票等。除此之外，普通发票的格式也呈现多样化，为此导致纳税人不能全面掌握各地的普通发票信息，因而无法对外地发票进行判断，加大了发票管理难度。
3.商业零售企业月收取发票量大，涉及面广，客观上也加大了对假发票的防范难度。
与工业企业相比，商业零售企业经营品种繁杂，面对的供应商面广户多，交易次数频繁。在对深圳商业零售企业的了解过程中发现，一家月销售额两千万左右的超市，负责为其供货的供应商通常有两至三千家，每月收取的发票达三四千份，平均每天会收到上百张发票。面对这上千家供应商所提供的发票要一一加以识别，工作量大，从而给商业企业对假发票的防范工作带来一定难度。
（二）租赁经营场地难取得水电费专用发票，从而无法抵扣税款
根据增值税税款抵扣的规定，企业只有在取得增值税专用发票、海关完税凭证或可抵扣的收购发票的情况下才能抵扣进项税金。与传统的国有、私营商业企业通常是以自有房产进行经营不同，目前的商业零售企业通常是租赁场地经营。由于经营场所所处的大厦在自来水公司和电业局通常只有一个统一的计费户头，因而商业零售企业往往只能通过大厦的物业公司代付水电费，自来水公司和电业局则分别根据该大厦的总水表和总电表的抄表数计算收取水电费后，向大厦的物业公司开具发票。由于物业公司不是增值税一般纳税人，因而不能开具增值税专用发票给商业零售企业。水电费是商业零售企业经营费用的大头，商业零售企业经营消耗了水电，并支付了水电费，只是由于收取水电方不具备一般纳税人资格而无法取得水电费专用发票，不能抵扣相应的进项税额，每年就需多承担几万元乃至上百万元的税收负担，这是非常不合理的，也极大的阻碍了商业零售企业的发展。
（三）无法划分正常损失与非正常损失
根据增值税暂行条例的规定：纳税人发生的非正常损失的购进货物的进项税额不得从销项税额中抵扣，而正常损失所购进货物的进项税可以从销项税额中抵扣。根据条例可知，企业的购进货物发生的损失是否可抵扣，是建立在是否为正常损失的基础上的。而在实际工作中，商业零售企业客观上往往无法划分正常与非正常损失，因而其全部损失的进项税金均不能从销项税额中抵扣，导致税负增加。究其原因，主要为：
1.税法规定不明确。
对不得从销项税额中抵扣进项税额的非正常损失，税法规定主要包括（1）自然灾害损失；（2）因管理不善造成的货物被盗窃、发生霉烂变质损失；（3）其他非正常损失。其所指的第三点“其他非正常损失”包括的范围广泛，税法对此并没有一些具体的判断标准，企业判断时缺乏可操作性。
2.大规模、开架自选式的经营方式，造成商业零售企业难以划分正常与非正常损失。
现代化的大型商品零售企业，特别是一些大型超市，经营商品品种多达一万余种，采取开架自选方式销售，在经营过程中不可避免地存在各种损失。这种损失既有正常损失，如商品运输过程中发生的合理损耗、商品上架前整理时或大包装整理为小包装时造成的商品破损损失，商品的自然损耗（如有保质期的商品在保质期前未售出的损失）、顾客挑选商品过程中造成的商品破损和商品包装破损导致的商品损失、顾客试吃散装即食食品造成的商品数量或重量的减少导致的商品损失等正常损失；也会有部分非正常损失，主要是商品被盗。但是商业零售企业在经营过程中对此无法一一统计，只能通过定期盘点来确认，而盘点也只能确认总的损失，无法一一划分正常与非正常损失，因而其全部损失的进项税额均不能抵扣，税收负担明显增加。
（四）商业零售企业中的小规模纳税人实际税负重
自1998年7月1日起，凡年应税销售额在180万元以下的商业企业，无论财务核算是否健全，一律不得认定为一般纳税人，均应按照小规模纳税人的规定征收增值税。按税法规定，小规模纳税人只能按4%的征收率计缴增值税。但根据税收调查资料提供的数据，由于流通环节竞争加剧导致增值额下降，近几年商业零售企业增值税平均负担率分别为1.97%，1.72%，1.66%，远低于4%，现行的税收政策和征管方法使商业零售企业中的小规模纳税人的实际税负明显高于一般纳税人，不利于小型的商业零售企业的发展，不利于商业生态的平衡。
二、解决问题的具体措施
（一）加强发票管理
1.加强普通发票的规范化管理
发票管理在税收管理中一直占据着非常重要的地位。对假发票能否严格识别和防范，一方面影响到国家的财政收入，另一方面也影响到税收环境和经济秩序。因此，笔者认为，对普通发票，首先应加强规范化管理，统一规定普通发票的格式、防伪标识等。具体操作上，可参照增值税发票的管理，在格式、防伪标识、印制方面能有基本标准，以便纳税人在收取发票时，能根据这些基本信息，自行加以鉴别。
2.加快税务信息化建设的步伐，把识别真假发票的信息技术运用到所有的发票管理中
现有的金税工程，除对增值税专用发票全面推行防伪税控认证系统以外，还应逐步全面取消手工票、普通电脑票。同时，还可考虑将小规模的纳税人也纳入防伪税控系统，通过防伪税控机开具发票，或采用其他先进技术，如互联网、电子数据处理系统等税控装置，加强交叉稽核，从而才能严格识别和防范假发票。
（二）完善现有的征收制度
1.制定相关法规明确租赁场地的水电费发票的开具问题
租赁场地经营已是目前普遍存在一种经营方式，由此而引发的水电费发票事项，通过企业与自来水公司、电力局协调解决往往进展缓慢，甚至于最后根本不能协调解决。因此，对现已普遍存在的租赁场地水电费问题，国家应制定相关的规定加以明确。笔者建议，可将大厦的总水电费按出租方和承租方协商确定的比例或合同约定的比例进行分割，自来水公司和电力局则按分割后的水电费数额向出租方开具普通发票，向承租方（凭一般纳税人身份证明）开具增值税专用发票。这样，将专用发票直接开具给各水、电使用单位，才能确保水、电使用单位能抵扣进项税金，从而由此解决商业零售企业租赁场地进行经营的税负不合理问题。
2.核定商业零售企业的正常损耗率
针对商业零售企业在生产经营过程中无法区分正常损失与非正常损失的客观实际，为了使增值税的征收更加现实合理，税务机关可根据对商业零售企业现行经营过程中的商品损耗率进行调查，核定其正常损耗率。对企业正常损耗率之内的损耗，其进项税额可以从当期的销项税额中抵扣；企业损耗超出正常损耗率的部分，不得抵扣进项税，冲减进项税金。正常损耗率可根据各地区的实际情况，每年核定一次。
3.调整商业零售企业一般纳税人认定标准，适当降低小规模商业企业的税负率
增值税一般纳税人面广量多，是增值税优越性得以充分发挥的前提条件之一。事实上，只要存在小规模纳税人，就不能实现充分的税款抵扣制度，重复征税的问题就无法彻底消除。因此，从有利于经济发展和为企业创造公平竞争环境的角度从长计议，对于独立核算，财务核算制度健全，能够准确计缴增值税，并有能力从事防伪税控系统技术操作的，在资格管理上不能仅以年销售额作为唯一判断标准，税务机关应予以认定为一般纳税人，纳入一般纳税人的管理范畴。与此同时，鉴于小规模商业零售企业的实际税负偏重，可考虑在现行4%的基础上，适当降低1-2个百分点，以平衡税负，增强其竞争能力。
