从1994年税制改革以来，新的流转税体系已经形成。特别是以增值税取代原产品税和营业税，在一定程度上起到了公平税负的作用。但实践中，增值税进项税抵扣中还存在着一些亟待解决的问题。
一、进项税额抵扣以专用发票列明的金额为依据的规定，使企业存货成本缺乏可比性。
根据《增值税暂行条例》及其实施细则的规定，纳税人购进货物或接受应税劳务时，取得专用发票的，以专用发票列明的税额作为进项税额，准予抵扣；取得普通发票的，不得计算进项税额。这就意味着，在相同进价（含税价）的情况下，购货取得普通发票的，其进货成本高于专用发票，企业存货成本缺乏可比性。
为了解决这一矛盾，可以利用价税分离的特点。企业在购进货物时不再区分增值税发票和普通发票，一律将其进行价税分离，只要是上一经营环节确已缴纳增值税的则可以抵扣。
二、增值税进项税额抵扣中某些项目存在高征低扣现象。
《增值税暂行条例》规定，一般纳税人购进免税产品时，按收购价和10%的扣除率计算进项税，准予扣除；一般纳税人外购货物所支付的运输费用以及一般纳税人销售货物所支付的运输费用，根据普通发票所列金额依7%的扣除率计算进项税额，准予扣除；一般纳税人购进废旧物资，按收购价和10%的扣除率计算进项税额，准予扣除；一般纳税人取得由税务机关代小规模纳税人开具的专用发票时，可以专用发票所列税额作为进项税额（税率为6%）。
上述几项规定都是在一般纳税人没有取得专用发票或税务机关代开专用发票的情况下，允许抵扣进项额。表面上看，这都是为了减轻纳税人的负担而给予的税收优惠，但是，增值税的本义是，对生产者或经营者对货物加工或经营过程中所产生的增值额进行征收的一种流转税。其计算方法有二：扣税法和扣额法。无论扣税法和扣额法均应体现增值则征税，未增值则不征税的原则。按上述规定会出现经营者（生产者）没有增值额也应缴税的情形，即高征低扣。现举一例如下：某企业收购一批免税农副产品，收购价10000元。依规定可计算进项税1000元，假定销项税率为17%，该企业仍以10000元含税价销售该批产品，则销项税额为10000÷ 117%×17%=1452.99元。该项交易，企业应缴增值税为452.99元。也就意味着企业因为高征低扣的规定而付出亏损452.99元的代价。
为了解决上述问题，笔者认为，税收政策对上一经营环节的优惠不应在下一环节扣回。上述几种情况的进项税率应根据销项税率而定，即进、销项税率相同，避免高征低扣。
三、进项税额的确认与销项税额的确认条件不同，缺乏配比性。
税收实务中，计算缴纳增值税时，进项税额必须是专用发票列明或第二点所列情形之一，且已经付款并已经到货为前提方可抵扣，即付款扣税法、货到扣税法，工业企业必须在购进货物验收入库后，商业企业必须在购进货物支付货款后，才能申报可以抵扣的进项税额。这对化解票到扣税法的负面影响起到了一定的作用，但不符合会计核算的权责发生制原则和及时性原则。而销项税的确认只要销售成立，无论是否收回货款，这一规定使得进项税和销项税缺乏配比性。为此，许多企业为了使进项税额得以抵扣而想方设法大量购进存货，不惜影响企业资金周转，不顾因此增加存货储存成本甚至造成企业亏损。更有甚者，有的企业大量购进存货，造成提前抵扣现象，使得进项税和销项税不配比。
为了解决这一矛盾，应将进项税额和销项税额确认时间规定一致，即销售方应计算销项税时，购进方即可计算进项税额。
四、无形资产的进项税额不能抵扣和无形资产转让缴纳营业税之规定，不利于企业发展和我国工业经济向知识经济转化。
无形资产的转让依5%的税率计征营业税缺乏合理的理论依据，且阻碍了无形资产的流动，企业购入的无形资产即使有专用发票，其进项税也应计入成本。这一规定，不利于企业发展。目前，全球经济正处于工业经济向知识经济转换的关键时期，我国也毫不例外。作为经济杠杆之一的税收，理应能起到鼓励和促进经济发展的作用。但是，上述规定，使企业加大营运成本，不利于企业发展。
为此，笔者建议，改对无形资产转让征收营业税为征收增值税，无形资产的进项税额允许抵扣。
