一、防伪税控系统的企业发行企业的防伪税控开票子系统的专用设备使用前要经过税务机关的初始发行，这个操作是在税务端企业发行模块中完成的。
发行时初始化企业的专用税控设备将按密码系统生成每个企业自己特定的“密钥”，按照一般纳税人认定子系统的发行授权信息将企业的税号、名称、最大开票限额等内容写入到被发行的税控专用设备中，发行数据也将保存在数据库中，作为其他业务操作的依据。税务机关在进行发行操作时，除了要具有其本身使用的授权金税卡和IC卡外，还需要将欲发行的企业开票卡插在发行器（或延伸板）上，进行数据的写入。
如果企业的税控专用设备发生丢失、损坏等情况，则需要在企业发行模块中进行专用设备的增领、补领、更换等维护操作，在操作的同时，将相应的数据记录到数据库中。
如果企业基本信息需要修改，其中包括税务登记号、企业名称、地址、电话、银行账号、密码等，企业需携带有关专用设备到税务机关进行修改，修改后的内容重新写入专用设备和数据库中。
如果企业需要增加开票机台数时，需携带主开票机的税控IC卡到税务机关，税务机关对其新增开票机的专用设备进行发行；企业要求减少开票机台数时，需将该分开票机所使用的专用设备退回；企业发生解散、破产、撤销以及其他情形时，需要将专用设备全部退回税务机关予以销毁。
二、防伪税控系统的发票发售对防伪税控企业销售增值税专用发票并对发票进行管理，是通过税务端发票发售模块实现的。
税务机关向企业发售发票时要参照企业的发行信息，企业从防伪税控系统购买发票的前提是该企业已经发行，按照发行时对企业购票限量限次信息卖给企业发票。所谓限量就是企业每次购买发票的最大数量，限次就是企业每月购买发票的最多次数。企业在使用防伪税控开票子系统过程中每次购买发票时，系统还会自动查验购票企业上个月的报税情况，如果企业上个月没有按时报税，就不能购得发票。
企业购买发票时需要拿着本企业的税控IC卡，税务机关进行操作时将企业本次购票的起始号码和张数等内容写到企业税控IC卡上。税控IC卡只记录一次购票信息，企业如果再次购买发票，需要将IC卡中的上一次购票信息读入到开票系统后，再进行下一次购买发票。另外读入到开票系统中的发票如果需要退回到税务机关，也要在开票系统中先将退票信息写到IC卡上，然后再持有退票信息的IC卡到税务机关进行退票操作。
对于有些企业发生专用设备丢失被盗，或有些不法企业持专用设备卷逃，造成增值税专用发票丢失时，可以采取失控发票注销。对正常企业可以使用登记失控发票的方法，对不法企业可以根据其领购发票的情况以及已经报税发票的情况得到失控发票的具体信息。在数据库中将对这些失控发票加上标记，以便进行追查。
三、防伪税控系统的报税接收防伪税控企业按月报送的存根联报税信息是在税务端报税模块中完成的。
每月在规定的报税期内，企业要将上一会计月所开发票的明细和汇总数据通过开票系统抄到IC卡或软盘上，然后到税务机关报税。报税模块读取企业的报税数据，并对数据进行比对校验。比对正确的数据将予以接收，提示企业报税成功，并在企业的税控IC卡上写入报税成功标志。
另外开票系统中的锁死期限也是在企业报税成功时，由报税模块写入企业税控IC卡的。所谓锁死期限就是规定企业按时报税的限期，在这个限期之内如果企业没有按时报税，企业的开票子系统就会自动锁死，不能进行开具发票等有关操作。只要企业在规定时间内报税成功并将报税成功标志读入到开票子系统中，系统就不会锁死，解开开票子系统锁死的惟一办法就是成功报税。一般情况下开票子系统的锁死期为10天，也就是每月10号之前企业必须抄报税，否则就会锁死。遇到节假日时，税务机关在报税模块中会事先设置好新的锁死期限，那么企业成功报税后，在税控IC卡中写入报税成功标志的同时也写入锁死期限，企业进入开票系统时新的锁死期限就会生效。
在报税模块中除了能接收企业按时报来的正常数据外，还可以接收企业由于各种原因造成的非正常情况下的报税数据，比如软盘补报、存根联补录报税和逾期报税等。
每月接收所辖企业的报税数据后，税务机关在报税模块中还需要将其接收的销项发票数据按照与稽核系统的接口规范生成指定文件，并输出到稽核系统。
四、防伪税控系统的认证购货方企业得到的防伪税控系统开具的增值税专用发票抵扣联在抵扣之前要到税务机关进行认证，这个操作是在税务端的认证模块中完成的。
抵扣联发票票面信息可以通过扫描仪自动扫描或手工录入得到，经过认证识别后的发票有以下几种认证结果：认证相符发票，发票的密文解密后与明文数据比对完全一致；密文有误发票，发票的密文无法通过解密；认证不符发票，这种发票密文可以解密，但解密后与明文数据比对不一致；重复认证发票，这种发票是认证相符的发票，但是数据库已经存在此发票的认证信息，如果第二次再进行认证并要保存其认证结果时就会作为重复认证发票；无法认证发票，因褶皱、揉搓而无法识别的发票。
对于抵扣联发票的认证数据，认证相符发票将按与稽核系统的接口规范生成指定文件，并向稽核系统输出；认证不符和密文有误的发票将作为问题发票按与协查系统的接口规范生成指定文件，并向协查系统输出。
认证模块除了完成抵扣联发票认证这一主要业务功能外，还可以进行存根联补录工作。存根联补录的用法是这样的，当企业开票子系统的专用设备和硬盘数据库同时损坏，无法通过开票子系统形成报税IC卡或磁盘数据时，企业可以持已开发票的存根联到所属税务机关，将存根联数据自动扫描或手工录入到认证模块中，由认证模块形成的存根联补录报税数据将直接写在数据库中，报税模块可以直接从数据库中读取企业的存根联补录报税数据，从而完成企业的报税。
五、防伪税控系统的制约处理为了保证防伪税控系统安全高效地运行，在系统设计上对开票子系统采取了一套完整的维护授权与制约机制，这种制约方式完全是从软件功能上实现的，避免了人为操作的随意性和不可靠性。企业在充分利用开票子系统提供的便利进行开票、抄税等操作的同时，得到税务机关的有效监控和管理，从而使税务机关严密掌握着增值税专用发票的运行情况。
首先企业购买发票时要遵从其被发行时所限定的购票限量限次，不能无限制地任意购买发票。
在开票子系统进行发票填开时，其中的销货方税号、名称、开票日期都取自金税卡，企业无法擅自更改，并且所开发票的合计不含税金额不能超过所限定的最大限额。如果企业需要更改企业税号、名称和最大限额，经过申请批准后，由税务机关对其专用设备的相关数据进行重新写入后，才能在开票时体现出来。为了保证增值税专用发票严格按照正确时间开具，如果出现金税卡中的日历时钟不准需要调整的情况，要先到税务机关进行修改时钟授权，得到授权后才可以激活相应菜单，调整时钟。修改时钟的授权只能使用一次，如果再次修改时钟，还需要再到税务机关进行授权。这样税务机关对企业开票子系统的任何变化和关键性操作都了如指掌，便于管理和及时发现问题。
系统对企业开票的制约不仅表现在购买和填开发票上，另外还制约着企业按时抄报税。企业每月首次进入开票系统，进行发票填开之前必须先进行抄税，否则不能开票。抄税之后要在规定的时间内（一般是每月10号之前）到税务机关报税，逾期不报税，开票系统会自动锁死，无法进行有关操作。解除锁死状态的惟一办法就是到税务机关报税，报税成功后会在企业税控IC卡上写入报税成功标志，开票系统读到这个标志后就会自动解锁。如果遇到节假日需要延长锁死期限时，也是由税务机关在税务端系统中进行相应的设置，并且在节假日之前的报税期企业报税成功时，写入报税成功标志的同时写入新的锁死期限天数，开票系统读到这个新的锁死期后就会生效。
