福利企业是以安置有一定劳动能力的“四残”人员劳动就业为主要目的具有社会福利性质的特殊企业，国家对福利企业给予了政策扶持，其中包括减免所得税、营业税和返还增值税等税收优惠。
国家税务总局和民政部联合下发《关于县级以上民政部门对所举办的社会福利企业减免税金提取问题的通知》（国税发[1990]139号），对福利企业减免税金会计处理作出规定：福利企业减免的税金必须在企业账目中设置“国家扶持基金”科目单独列示，专账管理。然而在实际操作中，现行的减免税金的账务处理仍存在不足。首先，现行《企业会计制度》中没有“国家扶持基金”账户，福利企业的会计人员在进行减免税金的会计处理时无所适从。其次，福利企业计算税金和退还税金并不在一个环节同时进行，而有关减免税的会计处理规定并没有考虑税收的征收环节和退税环节有机的衔接，造成福利企业相关会计处理五花八门，既不利于该项资金的监管，也违背了会计核算的明晰性原则。
为此，笔者建议明确福利企业免税、退税金的性质，理顺会计处理。福利企业收到的免税、退税金应计入“资本公积”账户进行反映和监督，核算时在“资本公积”总账账户下设明细账户“国家扶持基金”，具体反映该项资金的增减变动及结余情况。
《企业会计制度》规定，对于国家给予企业的各种补助，根据补助资金的不同性质，可作如下会计处理：如果该项资金属于资本金投入性质，则应按《公司法》增资扩股的规定办理相应的手续，在会计上属于资本投入，计入“实收资本”或“股本”。如果该项资金属于国家对企业的赠款，在会计上应增加资本公积，计入“资本公积”。如果该项资金属于资金扶持，将来国家财政要收回，在会计上属于负债，应计入“长期应付款”。如果该项资金属于国家拨入的具有专门用途的拨款，应于实际收到时，计入“专项应付款”，拨款项目完成后，形成各项资产的部分，按实际成本转入“资本公积”；未形成资产需核销的部分，报经批准后，核销“专项应付款”；拨款项目完成后，如有拨款结余需上交的，冲减“专项应付款”。如果属于按销量或工作量等和国家规定的补助定额计算并按期给予定额补贴以及属于国家扶持的领域而给予的其他形式补助，应计入当期损益。
按照上述规定，笔者认为福利企业收到的免税、退税金应计入“资本公积”账户进行处理，理由有三：能够明确该项资金的来源性质，该项资金实质上是国家对福利企业的无偿投资，但从相关文件中规定的用途来看，国家并不作为投资人参与利润分配，所以计入“资本公积”比计入“实收资本”更为妥当；能够界定该项资金流入企业的时间，福利企业收到的免税、退税金，不是国家按计划逐笔拨款先形成负债，以后再形成资本金，所以不需要通过“专项应付款”，而应在企业实际收到退税款时直接计入“资本公积”；能够做到专账管理，如果该项资金计入当期损益，无形中会增加企业的净利润，净利润既有可能转增资本，更有可能直接分配给投资人而改变了该项资金的用途，将其计入“资本公积”专户单独反映其使用及结余情况，便于专项资金的监督。
按税种的不同，其具体的会计处理如下：
1.先征后返的增值税：按税法规定，除另有指定用途的项目以外，都应计入企业实际收到退税或返还税款年度的企业利润，计算缴纳企业所得税。虽然福利企业所得税在免予征收之列，但在计算时应考虑该因素对纳税所得额的影响。
企业收到退回的增值税时，借记“银行存款”，贷记“补贴收入”；期末，将“补贴收入”账户的余额转入“本年利润”账户，借记“补贴收入”，贷记“本年利润”；将扣除所得税后的补贴收入转入“资本公积”，借记“本年利润”，贷记“资本公积——国家扶持基金（减免增值税）”。
2.减免的所得税：一般采用直接减少应纳所得税额的办法。
期末，按适用税率和应纳税所得额计提应缴的所得税时，借记“所得税”，贷记“应交税金——应交所得税”；按减免税额结转减免的所得税时，借记“应交税金——应交所得税”，贷记“资本公积——国家扶持基金（减免所得税）”。
另外，福利企业在按规定用途使用该部分免税、退税资金后，应将这部分资金从“资本公积”（国家扶持基金）账户转入“资本公积”（已用国家扶持基金）账户。
