随着企业改革的不断深化，企业投资、改组业务层出不穷，国家税务总局先后制定了《关于印发<企业改组改制中若干所得税业务问题的暂行规定 >的通知》（国税发[1998]97号）和《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号），对解决企业股权投资、改组过程中的企业所得税问题进行了明确，由于股权投资的处理比较复杂，而且前后两个文件对于股权投资处理的所得税政策规定又有变化，因此，在执行中，我们发现有的企业在进行投资业务的企业所得税处理上出现了一些问题，现结合工作中遇到的具有代表性的案例提出解决办法如下。
[案例1]母公司对子公司账面长期投资491万元，持股比例为100%，该长期投资系多年前投入，一直采用成本法核算。2000年，子公司进行股份制改造，由会计师事务所进行审计，经审计后的所有者权益为3000万元（子公司成立后未进行过利润分配），母公司根据审计结果调增长期投资，会计分录如下：
借：长期投资 25 090 000（3000万元-491万元）
贷：年初未分配利润 25 090 000
审计后，子公司又进行了资产评估，评估后，确认所有者权益为4100万元，即增值1100万元，母公司做如下会计分录：
借：长期投资 11 000 000
贷：资本公积 11 000 000
子公司根据协议，按净资产1：1进行折股（即公司实收资本变为4100万元），之后，母公司将股权转让64%（还剩余36%），实现收入2624万元，全部以现金收回，母公司账务处理如下：
借：银行存款 26 240 000
贷：长期投资 26 240 000
由于获得了转让收入，母公司计算应缴纳的企业所得税（该企业为北京市新技术产业开发实验区内企业，当年按15%税率征收企业所得税），企业认为应仅就评估增值纳税，于是，计算出应纳所得税额为：
1100×64%×15%＝105.6（万元）
笔者认为这样计算是不正确的，按照《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）规定，企业股权投资转让所得或损失是指企业因收回、转让或清算处置股权投资的收入减除股权投资成本后的余额。企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。
确认股权投资转让所得的关键是如何确定股权投资转让的收入和股权投资成本，此例中，股权投资转让的收入很显然是2624万元，那股权投资成本呢，按照《企业所得税税前扣除办法》（国税发[2000]84号）第七条规定：纳税人的存货、固定资产、无形资产和投资等各项资产成本的确定应遵循历史成本原则。也就是计税投资成本为初始投资成本，是投资者入股时向企业实际交付的出资金额。此例中，转让64%股权部分对应的股权投资成本应为 314.24万元（491× 64%），而不是母公司的会计投资成本，母公司的会计投资成本已由491万元增加到4100万元。
因此，正确的计算过程应为：
[2624-（491×64%）]×15%＝346.464（万元）即企业用转让收入2624万元减去其对应的计税投资成本314.24万元（491×64%），乘以企业适用的所得税税率。
[案例2]A公司对甲公司投资491万元，持股比例为50%，甲公司2000年实现净利润100万元，截至2000年底，甲公司共有累计未分配利润和累计盈余公积50万元，2000年分配方案为派发现金红利200万元，并于2001年4月实施，A公司按持股比例取得100万元。2001年7月，A公司将对甲公司的股权进行转让，取得转让收入400万元。
根据上述经济业务，A公司会计分录如下：
投资时：
借：长期投资 4 910 000
贷：银行存款 4 910 000
甲公司进行利润分配时：
借：长期投资 1 000 000
贷：投资收益 1 000 000
2001年4月，收到股利时：
借：银行存款 1 000 000
贷：长期投资 1 000 000
2001年7月，股权转让时：
借：银行存款 4 000 000
投资收益 910 000
贷：长期投资 4 910 000
据此，A公司计算转让所得为：400-491=-91（万元），即投资损失91万元。
于是，A公司向税务机关提出申请，要求将91万元作为投资损失在税前于以扣除。
我们认为这样处理是不对的，按照《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）规定，被投资企业对投资方的分配支付额，如果超过被投资企业的累计未分配利润和累计盈余公积金而低于投资方的投资成本的，视为投资回收，应冲减投资成本。
甲企业 2000年实现净利润100万元，共有累计未分配利润和累计盈余公积金50万元，当期却分配了20O万元，超过当年净利润、累计未分配利润和累计盈余公积金的50万元（200-100-50），应视为股东的投资收回，也就是说，A公司的投资成本已变成466万元（491-50×50%），股权转让后，A公司应确认的投资损失应为66万元（466-400），也就是允许税前扣除的投资损失为66万元。
