针对我国目前运输企业和个人的实际情况，国家税务总局关于印发《国家税务总局关于加强货物运输业税收管理及运输发票增值税抵扣管理的公告》的通知（国税发[2003]120号）对运输业务的具体管理提出了切实可行的具体要求。其中，对运输发票抵扣增值税的问题，《运输发票增值税抵扣管理试行办法》则规定：从2003年11月1日起，纳税人外购货物（固定资产除外）或者销售应税货物而支付运输费用所取得的运费结算单据（《增值税暂行条例实施细则》第十二条所规定的不并入销售额的代垫运费除外），无论是运输单位提供运输劳务自行开具的运输发票，还是运输单位主管地税局及省级地税局委托的代开发票中介机构为运输单位和个人代开的运输发票，都准予抵扣增值税进项税额，从而进一步扩大增值税的抵扣范围，这对接受运输服务的企业而言，其好处是不言而喻的。
但是，在税务稽查实践中，我们却发现有些企业在利用运输发票抵扣增值税方面存在许多问题，从税务稽查的角度来看，我们认为作为接受运输服务的企业，在接受运输服务取得运输队发票进行抵扣增值税时，还应该重点注意以下六个方面：
其一，注意发票开票单位是否合法。税法明确规定，开票单位必须是经税务机关批准，有自行开具运输发票资格的企业，或者是主管地税局以及经省级地税局批准委托中介机构代开票单位代开的货物运输业发票。凡未经地税局认定的纳税人开具的货物运输业发票一律不得作为记账凭证和增值税抵扣凭证。所以，作为一般纳税人企业，在接受运输服务时，应当注意提供服务的当事人的合法身份，验明所接受的运输票据是否符合抵扣增值税的规定，以防人为地增加经营成本。
其二，注意验明具有合法身份的单位和个人所提供的运输票据是否在法定的期限内。在稽查过程中我们经常发现原来的旧运输发票，国税发[2003]120号文件规定，纳税人必须于2003年10月31日前向主管地税局缴回已经领购的货物运输业发票，经税务机关审核界定为自开票纳税人的再返还其继续使用；未缴回的货物运输业发票不得开具和使用，也不得作为记账凭证和增值税抵扣凭证。《关于使用公路、内河货物运输业统一发票有关问题的通知》（国税函[2004] 557号）规定，《货运发票》必须采用税控收款机系列产品开具，手写无效。《国家税务总局关于印发新版〈全国联运行业货运统一发票〉式样的通知》（国税函 [2004]1033号）规定，《全国联运行业货运统一发票》使用新版本。因此，纳税人应当注意检查其时效性。
其三，自开票纳税人和代开票单位必须按照规定逐栏、如实填开货物运输业发票。凡开具给增值税一般纳税人的货物运输业发票，必须填写该增值税一般纳税人的名称和纳税人识别号。自开发票的，应在运费发票下方正中央加盖有开票人识别号、主管地税局名称和代码等内容的“开票人专用章”和财务专用章。此外，《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理有关问题的通知》（国税发明电[2003]第055号）规定，如果地税局代开货运发票时，应加盖代开票地税局发票专用章，专用章要有代开票地税局名称和地税局代码。否则不予抵扣增值税。
其四，申报抵扣增值税时的手续是否符合规定。取得的所有需计算抵扣增值税进项税额的运输发票，应根据相关运输发票逐票填写《增值税运输发票抵扣清单》，增值税一般纳税人必须填写其中的“取得运输发票单位名称及识别号”
栏，否则，所取得的运费发票不能作为增值税进项抵扣凭证。在进行增值税纳税申报时，除按现行规定申报报表资料外，还必须报送《增值税运输发票抵扣清单》。纳税人除报送清单纸质资料外，还需同时报送《增值税运输发票抵扣清单》的电子信息。未单独报送《增值税运输发票抵扣清单》纸质资料及电子信息的，其运输发票进项税额不得抵扣。同时规定，如果纳税人未按规定要求填写《增值税运输发票抵扣清单》或者填写内容不全的，该张运输发票不得计算抵扣进项税额。因此，纳税人必须特别注意，在录入《增值税运输发票抵扣清单》信息采集软件时应细心，如果某些地方输入错误，经税务机关与开具的电子信息比对不符，那么该笔运输发票的进项税额不得抵扣。增值税一般纳税人取得的联运发票应当逐票填写在《增值税运费发票抵扣清单》的“联运”栏次内。增值税一般纳税人取得的内海及近海货物运输发票，可暂填写在《增值税运输发票抵扣清单》内河运输栏内。
其五，根据《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）规定，增值税一般纳税人取得税务机关认定为自开票纳税人的联运单位和物流单位开具的货物运输业发票准予计算抵扣进项税额。准予抵扣的货物运费金额是指自开票纳税人和代开票单位为代开票纳税人开具的货运发票上注明的运费、建设基金和现行规定允许抵扣的其他货物运输费用；装卸费、保险费和其他杂费不予抵扣。货运发票应当分别注明运费和杂费，对未分别注明，而合并注明为运杂费的不予抵扣。
其六，申报抵扣增值税的时间是否符合规定。纳税人取得的货物运输业发票，可以在自发票开具日90天后的第一个纳税申报期结束以前申报抵扣，超过90天的不得予以抵扣。另外必须按照《增值税运费发票抵扣清单》的要求填写全部内容，对填写内容不全的不得予以抵扣进项税额。
