企业计算抵扣进项税时，存在两个纠葛问题：第一是运费进项税的计算。按税法规定一切进项税必须按索取规定的发票抵扣，复印件或自行分劈的发票不能抵扣。所以，总公司对关联企业联购联销货物，由总公司支付的铁（公）路运费，按税法规定运费发票在那个企业，这个企业才可以计算进项税，关联公司不能计算进项税。第二是两个企业共同用一个总电表，电业局对有总电表企业收取电费（开增值税专用发票），分户企业分担的电费就得不到进项税。
对上述存在问题，要想既符合税法规定，又要使进项税抵扣合理（不重复抵扣）。笔者根据客观实际谈谈个人意见：
（一）对联购联销的运费进项税处理。
1、联购的运费进项税。例如，市、县烟草公司共同从烟厂进卷烟200000元，税率17％，增值税34000元，运杂费7000元（其中运费及基金1、基金2计款6000元），这批商品，市、县公司各一半，但烟厂直接对市烟草公司销售结算货款，因此市公司以购进价开增值税专用发票给县公司当销售处理，其运费的进项税就不便分劈了。这样一来，县公司应得的运费进项税，就得从结算费用中扣除。市公司的会计处理：
（1）购入商品时：借记库存商品（商品已验收入库）200000元、应交税金—应交增值税（进项税额）34600元（包括运费进项税6000×10％＝600）、经营费用6400元（7000－600元），贷记银行存款241000元。
（2）向县公司分劈商品和费用时：借记银行存款（或应收帐款）120200元，贷记商品销售收入100000元、应交税金—应交增值税（销项税额）17000元、经营费用3200元（6400×5‰）。
2、联销商品的运费进项税的处理：
例如县粮食局（粮贸总公司）下属各粮库，都是一般纳税人，在对出口或外省销售议价粮时（包干价）统一由粮贸总公司名义办理销售结算。之后，各粮库按对外销售价给县公司开增值税专用发票作销售处理。但调粮运杂费，县总公司采取把各粮库发粮的费用均集中到县总公司统一核算，然后按销售数量向各粮库分摊运杂费，这样一来，运费结算发票在县公司作了进项税抵扣，粮库无运费发票，应得的进项税，也得采取联购商品分劈运用进项税的办法。例如县总公司联销粮食总费用80000元，其中运费及基金1、基金2等金额为60000元，其进项税为6000（60000×10％）元，其会计处理：
（1）收到各粮库交县公司费用发票时：借记经营费用74000元（80000－6000），应交税金—应交增值税（进项税额）6000元，贷记银行存款（或应付帐款）80000元。
（2）向各粮库分摊运杂费时：借记银行存款（或应付帐款）74000元，贷记经营费用74000元。这样处理帐务进项费的进项税金虽然在县总公司抵扣了，但粮库应得的进项税（从分担费用总额中给扣除了）也得到了。
（二）电费抵扣进项税分摊处理：例如，两个一般纳税人用一个总电表，A企业向电业局缴电费，增值税专用发票上注明的电费20000元，税率17％，税额340 0元。AB企业各负电费50％。A企业会计处理：
1、购电时：借记应交税金—应交增值税（进项税额）3400元、经营费用20000元，贷记银行存款23400元。
2、向B企业分摊电费时：
如果AB企业分开发票时应各付11700元，但B企业的进项税已在A企业抵扣了，所以B企业分担的费用只付电费即可。应借记银行存款（或应收帐款10000元，贷记经营费用10000元（11700－1700）。
