为了规范股份有限公司税收返还及其他各项补助的会计核算，财政部根据《国务院关于纠正地方自行制定税收先征后返政策的通知》（国发［2000］2号）及其他有关规定，对股份有限公司税收返还会计处理作出规定：
1.所得税问题。按照国家规定实行所得税先征后返的公司，应当在实际收到返还的所得税时，冲减收到当期的所得税费用，借记“银行存款”等科目，贷记“所得税”科目。由此可见，所得税返还实行的是现金收付制原则，而不是权责发生制原则。先征后返还政策可执行到2001年底。
在所得税项目核算时，尚需关注以下两点：
其一，有些企业实行部分所得税返还优惠政策的，据财政部财会字［2000］3号《股份有限公司税收返还等有关会计处理规定》，企业只能在实际收到返还所得税时，冲减收到当期的所得税费用；如当期没有收到返还的所得税，不能按照应计制原则计提应收返还的所得税（账挂应收补贴款）。据《企业会计制度》的规定，应收补贴款科目并不用于核算所得税返还。
其二，参照《国际会计准则12号——所得税》的有关规定，在本期确认的、对以前期间的当期所得税的调整，计入本期所得税费用。企业接受财政、税务、审计等部门的检查，由此发生的查补以前年度企业所得税的，应当计入查补当年所得税费用，而不是计入“以前年度损益调整”科目（会计报表上体现在“年初未分配利润”项目）。需要注意的是，我国《企业会计制度》第138条和《企业会计准则？会计政策、会计估计变更和会计差错更正》指南中规定，调整以前年度所得税的，应调整“以前年度损益调整”科目和年初未分配利润项目。这两种处理方法是不同的。我们认为，注册会计师应结合实际情况和补交所得税金额的大小等，灵活掌握，并在会计报表附注中予以披露。如果在财政、税务部门查处决定中明确了会计处理的，从其处理。
2.流转税问题。公司收到的先征后返的消费税、营业税等原记入“主营业务税金及附加”或“其他业务支出”科目的各项税金，应于收到当期冲减“主营业务税金及附加”或“其他业务支出”科目，借记“银行存款”科目，贷记“主营业务税金及附加”或“其他业务支出”科目；公司收到的先征后返的增值税，应于实际收到时，计入补贴收入，借记“银行存款”科目，贷记“补贴收入”科目。
