国家税务总局自2003年7月1日开始，将增值税专用发票稽核系统中“属于作废发票” 的采集、稽核比对和协查反馈等有关情况纳入考核。从国家税务总局对全国2004年增值税专用发票抵扣联稽核结果的通报看，作废增值税抵扣联比例仅占稽核抵扣联总数的0.03%―0.04%.虽然作废增值税抵扣联占稽核抵扣联总数的比例较小，但稽核抵扣联总数的数量巨大，作废增值税抵扣联绝对值较大，不容忽视。通过我们对企业作废增值税抵扣联的调查和研究，发现由于误操作而形成的数量占有相当比重，而且对购销双方来说，面临一个比较大的难题，即作废抵扣联购货方已经认证，在销货方企业次月自查发现或经稽查部门稽核查实后，购销双方应如何进行下一步的规范处理和操作的后续处理，这一难题已经成为税务机关和纳税人的当务之急。
一、作废增值税抵扣联产生的原因
主观原因：
一些企业销售货物时，在销售已经实现、增值税专用发票已经开具、抵扣联已交给购货方的情况下，为了达到当月少缴税的目的，人为进行违规调控，把当月防伪税控开票子系统中将某笔已经开具的数额较大的专用发票作“作废”操作。而购货方对这种情况并不知情，仍按正常程序到税务机关进行认证，从而产生稽核比对不符。
客观原因：
销售实现后，按照规定进行防伪税控开票子系统操作，由于误操作的原因将某笔已经开具的增值税专用发票在当月防伪税控开票子系统中进行了“作废”的操作，而此时购货方已经将该笔业务抵扣联通过税务机关认证系统进行了认证，销货方通知购货方退回此笔专用发票重开已经来不及了，从而产生稽核比对不符。
二、作废增值税抵扣联使税、企购销三方面对难题
对税务部门来说，面对的是如何处理难题。根据国税函[2001]730号《国家税务总局关于金税工程发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知》的文件要求，凡属于增值税计算机稽核系统发现的涉嫌违规的发票，由稽查部门处理，并不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。由于目前税务机关对作废抵扣联发票的处理没有一个统一的处理依据和规范性处理文件，造成稽查机关对作废抵扣联发票的处理各不相同。有的经稽查机关核实双方业务后允许抵扣；有的则是让购货方作进项税额转出，做换票处理；有的则是补税、课征滞纳金。
对购货方来说，面对的是到底用不用换票以及怎样能换回新票的难题。
对于销货方来说，面对是换票如何开出负数发票难题。由于目前企业普遍使用的是WINDOWS版防伪税控开票子系统，跨月作废发票开具不出负数发票冲销。因此，即便购货方作废抵扣联能够退回或者到税务机关办理《退货证明单》也是徒劳的，开票系统也开不出负数发票来。
三、对误操作而形成的作增值税废抵扣联如何后续处理
由于销货方客观原因造成作废增值税抵扣联，在目前防伪税控开票子系统开具不出负数发票冲销的情况下，根据实际工作调查和研究，建议作如下后续处理：
1、销货方：销货方误操作后，按照国税函[2003]785号文件“购货方将专用发票报送税务机关认证后，销货方不得作废已开具的发票”的精神，销货方仍按正常业务计提收入和销项税额进行帐务处理，以保证此笔业务的真实性和增值税链条的完整性。
2、税务机关：销货方主管稽查税务机关在接到作废抵扣联协查任务、查实销货方已将该笔作废发票进行了计提收入和销项税额的帐务处理后，可采取向购货方税务稽查机关出示销货方已将此笔发票进行了帐务处理书面证明的方式解决；而购货方主管稽查税务机关在接到作废抵扣联协查任务、查实购货方已将该笔作废发票进行了进项税额等相关科目的帐务处理后，可依据销货方税务机关出具的书面证明，允许购货方依据此笔发票抵扣进项税额。但双方主管稽查税务机关都要做备案处理。
3、购货方：购货方报送抵扣联到税务机关认证后，就应进行进项税额等相关科目的帐务处理，即使销货方通知此笔发票误操作作废，购货方也仍按照正常业务进行帐务处理，以解决销货方不能跨月对作废的发票开出负数发票来的难题。
