在股权投资处置时，如果不是通过非货币性交易、债务重组等方式处置的，则会计上和税法上确定的处置收入通常是一致的，此时的纳税调整主要是由会计和税法上确定的投资账面价值和计税成本的差异引起的，通常包括以下各项：
1.按权益法的会计处理原则确认的在被投资单位净损益和净资产变动额中所占的份额；
2.以非货币性资产对外投资时，投出资产的账面价值与其公允价值的差异；
3.因股票股利的会计处理和税务处理不同引起的差异；
4.股权投资差额的摊销差异。
上述各项累积的时间性差异，在投资处置或者收回时均应转回，也就是需进行与当初发生时相反的纳税调整。
国税发[2000]118号文件与现行会计规范的对照“问题解答三”对与长期股权投资相关的纳税调整事项的规定并不全面，仅仅涉及了其中的一部分内容。下面将《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）第一至第三条的内容与现行会计规范进行逐条对照，说明一些在“问题解答三”中未提及的常见差异的纳税调整方法。
既然会计准则和税法对投资收益的确认采取了不同的标准，那么长期股权投资的账面价值和税法上确认的计税成本也就会不一致。例如：在会计上按权益法确认投资收益时，会导致投资账面价值发生变动，但是由于税法不承认权益法，也就不会变更其计税成本；收到股票股利或以公积金转增的资本时，会计上不改变投资的账面价值，但税务上需计入应纳税所得额，相应增加投资的计税成本。因此，在投资出售变现时，税法上的转让所得不同于会计上的处置损益。在税法上计算转让所得时，只需将出售所得款项减去该投资的初始投资成本即可（如果被投资单位分派过股票股利或者以公积金转增资本，则还应减去已缴纳过所得税的股票股利）。
