同一地区或城市，实行“总部-分店”管理模式。总部对分店的商品配送，作为内部移库处理，统一核算，统一申报缴纳增值税。
例如：某食品销售连锁企业在同城有4家连锁分店，是一般纳税人。2004年1月，4家分店销售情况，甲店实现销售收入58.50万元（含税）；乙店实现销售收入81.90万元（含税）；丙店实现销售收入105.30万元（含税）；丁店实现销售收入117万元（含税）；由总店计算、申报、缴纳增值税。
销售额=（含税销售额）/（1+增值税率）
=（585000+819000+1053000+1170000）/（1+17%）
=3100000（元）
会计分录：
借：银行存款 36270000元
贷：应交税金——应交增值税（销项税额）527000
主营业务收入 3100000元
借：应交税金——应交增值税（已交税金）527000元
贷：银行存款527000元
不同一地区或城市，可在非总部所在地区或城市设置地区总部，实行“总部——地区总部——分店”的管理模式。总部对地区总部的商品配送，按税法规定必须作为销售处理，经申请可由总部统一核算，统一向总部所在地主管税务机关申报、缴纳增值税。
例如：某综合超市连锁总店，是增值税一般纳税人，有跨地区连锁店2个。2004年1月，总店购进500万元的货物，进项税金85万元，取得专用发票，已付款。由总店对跨地区连锁店配送商品，开具专用发票，其中甲店300万元，销项税金51万元；乙店400万元，销项税额68万元。总店统一计算、申报、缴纳增值税。
总店购进货物会计分录：
借：物资采购 5000000元
应交税金——应交税金（进项税额）850000元
贷：银行存款 5850000元
总店对跨地区连锁店配送商品会计分录：
借：应收账款——甲店 3510000元——乙店4680000元
贷：应交税金——应交税金（销项税额） 1190000元
主营业务收入 7000000元
总店缴纳增值税会计分录：
借：应交税金——应交增值税（已交税金） 340000元
贷：银行存款 340000元
注：应交增值税=1190000-850000=340000元
按照增值税条例规定，跨地区经营的连锁企业，即连锁店的分店均由总部全资或控股开设，在总部领导下统一经营的连锁企业，要求采取微机联网，实行统一采取配送商品，统一核算，统一规范化管理和经营，并经有关国税机关审批同意，可对总店和分店实行由总店向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税。至于自愿连锁、特许连锁，其纳税地点不变，仍由各独立核算分店分别向所在地主管税务机关申报缴纳增值税。