《国家税务总局关于增值税一般纳税人用进项留抵税额抵减增值税欠税问题的通知》（国税发[2004]112号）规定，对纳税人因销项税额小于进项税额而产生期末留抵税额的，应以期末留抵税额抵减增值税欠税。《国家税务总局关于增值税一般纳税人将增值税进项税额抵减查补税款欠税问题的批复》（国税函[2005]169号）规定，增值税一般纳税人拖欠纳税检查应补缴的增值税税款，如果纳税人有进项留抵税额，可按照国税发[2004]112号文的规定，用增值税留抵税额抵减查补税款欠税。
纳税人发生用进项留抵税额抵减增值税欠税时，按以下方法进行会计处理：
（1）增值税欠税税额大于期末留抵税额，按期末留抵税额红字借记“应交税金——应交增值税（进项税额）”科目，贷记“应交税金——未交增值税”科目。
（2）若增值税欠税税额小于期末留抵税额，按增值税欠税税额红字借记“应交税金——应交增值税（进项税额）”科目，贷记“应交税金——未交增值税”科目。