会计制度规定，企业应缴的增值税在“应交税金———应交增值税”科目核算，该科目下设“进项税额”、“已交税金”、“减免税款”、“出口抵减内销产品应纳税额”、“销项税额”、“出口退税”、“进项税额转出”、“转出未交增值税”、“转出多交增值税”等专栏，同时设“应交税金———未交增值税”科目，核算企业当月未缴或多缴的增值税。但对税务机关查补的增值税会计处理未作明确规定。
税法规定，增值税一般纳税人在税务机关对其增值税纳税情况进行检查后，凡涉及增值税账务调整的，应设立“应交税金———增值税检查调整”专门账户。凡检查后应调减账面进项税额或调增销项税额和进项税额转出的数额，借记有关科目，贷记本科目；凡检查后应调增账面进项税额或调减销项税额和进项税额转出的数额，借记本科目，贷记有关科目；全部调账事项入账后，应结出本账户的余额，并对该余额进行处理。
若余额在借方，全部视同留抵进项税额，按借方余额数，借记“应交税金———应交增值税（进项税额）”科目，贷记本科目；若余额在贷方，且“应交税金———应交增值税”账户无余额，按贷方余额数，借记本科目，贷记“应交税金———未交增值税”科目；若余额在贷方，“应交税金———应交增值税”账户有借方余额且等于或大于这个贷方余额，按贷方余额数，借记本科目，贷记“应交税金———应交增值税”科目；若余额在贷方，“应交税金———应交增值税”账户有借方余额但小于这个贷方余额，应将这两个账户的余额相冲，其差额贷记“应交税金———未交增值税”科目。上述账务调整应按纳税期逐期进行。
此外，《国家税务总局关于增值税一般纳税人发生偷税行为如何确定偷税数额和补税罚款的通知》（国税发[1998]66号）规定，偷税款的补征入库，应当视纳税人不同情况处理，即：根据检查核实后一般纳税人当期全部的销项税额与进项税额（包括当期留抵税额），重新计算当期全部应纳税额，若应纳税额为正数，应当作补税处理；若应纳税额为负数，应当核减期末留抵税额。
例：2004年2月，某市国税稽查局对甲公司（工业企业，增值税一般纳税人）2003年度缴纳增值税的情况进行检查时发现：2003年12月，甲公司存货发生非正常损失，全部记入“营业外支出”科目，其中包括增值税进项税额2000元；将自产产品作为福利发放给职工，未按视同销售进行税务处理，少计算增值税销项税额3000元；
甲公司2003年12月底“应交税金———应交增值税”科目为借方余额1000元。据此，稽查局作出补缴增值税4000元，加收滞纳金和罚款6000元的决定。甲公司当即缴纳了上述税款、滞纳金和罚款。账务处理为：
转出非正常损失存货的增值税进项税额：
借：以前年度损益调整2000
贷：应交税金———增值税检查调整2000
补提视同销售的增值税销项税额：
借：应付福利费3000
贷：应交税金———增值税检查调整3000
此时，“应交税金———增值税检查调整”明细科目的贷方余额为5000元，当期（2003年12月）“应交税金———应交增值税”科目的借方余额为1000元，将“应交税金———增值税检查调整”科目余额冲销“应交税金———应交增值税”科目借方余额，差额转入“应交税金———未交增值税”科目：
借：应交税金———增值税检查调整5000
贷：应交税金———应交增值税1000
应交税金———未交增值税4000
缴纳查补的增值税、滞纳金和罚款：
借：应交税金———未交增值税4000
营业外支出6000
贷：银行存款10000
有关企业所得税和留存收益的会计处理，略。
甲公司申报2003年企业所得税时，应调减应纳税所得额2000元；申报2004年企业所得税时，因税款的滞纳金和罚款不得税前扣除，应调增应纳税所得额6000元。