代理出口业务和代理进口业务一样，由于盈亏由委托单位负担，所以，按现行制度规定，其缴纳的关税由委托单位负担，通过“国内账款结算”或“应收账款”账户核算。即在出口企业缴纳出口关税时，借记“国内账款结算”或“应收账款”账户，贷记“应交税金—应交关税”账户；同时借记“应交税金—应交关税竺账户，贷记”银行存款“账户；收到委托单位支付的款项时，借记”银行存款“账户，贷记”国内账款结算“或”应收账款“账户。
例如，华夏进出口公司代理某企业出口商品一批，该商品的离岸价格为450 000元，出口税税率为20%，手续费为13 500元。则应纳关税税额的计算及有关会计处理如下：
（1）计算应纳关税税额并作会计处理：
应纳关税税额=450000- （1 + 20% ）×20% = 75000（元）
借：应收账款 75 000
贷：应交税金——应交关税 75 000
借：应交税金——应交关税 75 000
贷：银行存款 75 000
（2）计算应收手续费时：
借：应收账款 13 500
贷：其他业务收入（手续费） 13 500
（3）收到委托单位支付的税款及手续费时：
借：银行存款 88 500
贷：应收账款 88 500