企业所得税的计税依据为应纳税所得额。企业在确认收入、成本、费用、损失并进行损益核算和帐务处理，以及进行资产、负债管理等都是按照企业会计制度执行。所以对于确认应纳税所得额过程中，因计算口径和计算时期不同而形成的税前会计利润与应纳税所得额的差异，企业应当在进行企业所得税申报时作相应的纳税调整。税务机关对企业所得税检查中的“查增所得额”是指税务机关按照税法规定计算应调增的应纳税所得额（不包括纳税人已调增的）减去按税法规定应调减的应纳税所得额（不包括纳税人已调减的）后的余额。
税务机关对查增所得额根据企业亏损、减税、免税的不同情况下，在征税上应当依法作以下处理：
一、对纳税企业的查增所得额不得弥补以前年度的亏损。
这里要注意两点：
1、以前年度是指除所检查年度外的应弥补亏损的年度；
2、以前年度亏损额是指经税务机关按照税收法规规定核实、调整的允许税前扣除的亏损金额。查增所得额仅就所查年度而言，而不考虑以前年度的亏损弥补，其实质上是对纳税人的一种制裁。
二、对查增所得额的年度的弥补。
根据《企业所得税暂行条例》的规定：应纳税所得额是指纳税人每一纳税年度的收入总额减去准予扣除项目后的余额。所以，对纳税企业所查年度为亏损（该亏损为纳税人自行申报的亏损数额）的，对税务机关检查的查增所得额可以弥补所查年度的亏损额。查增所得额弥补亏损后有两种情况发生：
1、经亏损弥补后“由亏转盈”的，按税务机关调整的应纳税所得额抵补企业申报亏损额后的金额依法计征所得税，在5月1日后缴纳的，相应加收其滞纳金；
2、申报亏损的企业，经税务检查调整后仍为亏损的，即为允许弥补的亏损额，按规定在以后年度中分年抵补。
三、对享受减、免税企业的查增所得额的处理。
《税收征管法实施细则》的规定：纳税人享受减税、免税待遇的，在减税、免税期间也应当按照规定办理纳税申报。所以享受减免税的纳税人应当和其他企业一样：依法向税务机关进行企业所得税申报。税务机关对享受减免税的纳税人检查的查增所得额分两种情况：
1、对减税企业属于盈利年度查增所得额要按规定补税，在5月1日后缴纳的相应加收滞纳金；
2、减税企业的查增所得额弥补亏损后仍亏损的及免税企业的查增所得额，不存在纳税问题。
对纳税人的追缴税款和加收滞纳金是纳税人的“本份”，但对上述的行为应当如何处理？根据《税收征管法》第六十三条的规定：“纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款的百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的依法追究刑事责任。”
从本条的规定中可以看出，纳税人构成偷税必须同时具备两个条件：
一是采取了法定的任意一个或一个以上的手段；
二是形成了不缴或少缴税款的客观事实。也就是说，对纳税人实现的税款构成偷税不仅要有行为，而且还必须具备行为的结果：只有行为没有结果不构成偷税，反之，只有结果没有行为的，同样不构成偷税。而不缴或少缴税款的后果的时间界限是以税收法律、行政法规规定或税务机关依照税收法律、行政法规确定的期限的最后一天为界。根据《企业所得税暂行条例》第十五条的规定：“缴纳企业所得税，按年计算，分月或者分季予缴。月份或者季度终了后十五日内预缴，年度终了后四个月内汇算清缴，多退少补。”而企业所得税应当在年度终了四十五日内申报。也就是说，企业所得税的纳税申报与企业所得税的缴纳上有一个时间差的问题。
由此，对上述违法行为的处罚上应依法作如下处理：
一、对企业的查增所得额涉及应当纳税的，应当区分两种情况：
1、对上述查增所得额涉及纳税且在四月底以前未缴纳的。因纳税人的自行申报应纳税款与税务机关依法调整后计算应纳税款之间产生差异，属“虚假申报”行为，符合偷税的第一个条件；在企业所得税规定的期限即四月底以前未缴即形成不缴或少缴税款的事实即符合偷税的第二个条件。所以是偷税。纳税人偷税的，除追缴税款、滞纳金（5月1日起计算）外，并处所偷税款的百分之五十以上五倍以下的罚款，构成犯罪的，依法移交司法机关处理。
2、对上述查增所得额涉及纳税且在四月底以前已缴纳的。虽然纳税人应纳税款已在法律规定的期限内缴纳，但纳税人的企业所得税的申报失实。对此可以说是一种 “虚假申报”行为，也可以说是一种“编造虚假计税依据”行为。但在什么情况下按虚假申报，什么情况下按编造虚假计税依据？这应视纳税人是否造成不缴或少缴税款的后果，纳税人的不如实申报行为但最终的结果并未造成不缴或少缴税款甚至于多缴税款的，属“编造虚假计税依据”行为，应当依据《税收征管法》第六十四条规定处理，即由税务机关责令限期改正，并处五万元以下的罚款。
二、对查增所得额不涉及补税，但对纳税人的自行申报的应纳税所得额与税务机关依法作出的纳税调整后的应纳税所得额之间产生差异，也同样属“编造虚假计税依据”行为，同样应当依法处罚。