纳税人申请认定为一般纳税人后，国税机关为了及时掌握其生产经营、财务核算等变化情况，将定期进行监督审核。目前，我省每年审核一次。
一、审核范围
凡已认定为一般纳税人的，每年都要进行一次审核。审核的重点对象是：
1、新办企业；
2、私营企业、个体工商户；
3、挂靠有关单位的企业；
4、个人承包、租赁的企业；
5、行政性公司；
6、外地驻本地的分支机构、外地在本地所办的企业；
7、租借他人场所从事生产、经营的企业；
8、稽核检查中发现有偷税、骗税或违反专用发票使用规定行为的企业。
对年应税销售额超过规定标准、会计核算健全、能够按照规定履行纳税义务、使用专用发票，有较好纳税信誉的一般纳税人，经地、市国税机关确定，可予以免审。
二、审核程序
1、发布年审公告。市、县国税机关在每年3至5月份，应通过新闻媒介发布公告或向纳税人下达书面通知，明确一般纳税人审核的具体时间、范围、要求等有关事项。
2、纳税人申请。一般纳税人接到通知后，应在规定的期限内向主管国税机关如实填报《增值税一般纳税人年审报告书》（以下简称报告书），并提供年度会计报表、帐证、会计证等有关资料。
3、主管国税机关审核。主管国税机关收到纳税人的《报告书》后，对照日常稽核记录和有关资料进行审核，必要时，可调取纳税人的有关资料或派人到纳税人所在地进行审核。审核后，在《报告书》上签署意见，注明保留或取消一般纳税人资格的理由，报市、县国税机关复核、审批。
4、市、县国税机关审批。市、县国税机关对主管国税机关上报的初审意见，应在规定时间内进行复核，有疑问的要进行实地核查。复核结束后，逐户确定保留或取消一般纳税人资格，并在报告书上签署意见退还给主管国税机关。
5、书面通知。主管国税机关应将审批结果书面通知纳税人。对保留一般纳税人资格的，在纳税人的税务登记证副本上加盖条形“年审合格”印章；对被取消一般纳税人资格的，则收回其专用发票领购簿，收缴结存的专用发票，更换税务登记证副本。
三、审核内容
国税机关对一般纳税人的审核，主要有以下几方面：
（一）能否按规定领购、开具和保管专用发票；
（二）有无专职或兼职并持有会计证的会计人员；
（三）能否按财务会计制度规定、设置总帐和有关明细帐进行会计核算，真实反映企业生产、经营状况；
（四）能否准确核算增值税销项税金、进项税金和应交税金；
（五）能否按规定向主管国税机关准确提供税务资料；
（六）能否按规定如实填报增值税纳税申报表，并按期纳税。
经过审核，发现纳税人有下列情况之一的，应按规定进行处理：
1、审核中发现一般纳税人违反专用发票使用规定的，应依据《税收征管法》、《增值税专用发票使用规定》及其相关的规定进行处罚。经市、县国税机关批准，在6个月内停止其使用专用发票，收缴结存的专用发票，暂扣专用发票领购簿，并责令纳税人限期完善专用发票的保管使用制度。对逾期仍达不到要求，经市、县国税机关批准，可取消其一般纳税人资格。
2、审核中发现一般纳税人年应税销售额在规定标准以上的，但不具备规定条件的，经市、县国税机关批准，停止其抵扣进项税额，按销售额依规定税率计算征收应纳税款，同时取消其专用发票使用权，并收缴结存的专用发票和专用发票领购簿。待纳税人完善有关制度，符合一般纳税人条件后，经市、县国税局批准，方可使用专用发票，允许抵扣进项税额。但停止抵扣期间购进货物、应税劳务的进项税额，以及按规定可抵扣的期初存货已征税款，不得结转到经批准准许抵扣进项税额时抵扣。
3、核审中发现一般纳税人年应税销售额在规定标准以下的，不具备有关条件的，经市、县国税机关批准，可停止其抵扣进项税金，按销售额依规定税率计算应纳税金，并取消其专用发票使用权，收缴结存的专用发票和专用发票领购簿，责令其3个月内健全完善有关制度。对3个月后经验收仍达不到国税机关要求的，经市、县国税机关批准，取消其一般纳税人资格，按小规模纳税人的征税规定征税。停止抵扣期间购进货物、应税劳务的进项税金，以及按规定可抵扣的期初存货已征税款不得结转到经批准允许抵扣进项税金时抵扣。
4、审核中发现一般纳税人不能按规定如实填报增值税纳税申报表、附表、提供有关资料，并且不能按期申报纳税的，除应按《税收征管法》有关规定予以处罚外，经市、县国税机关批准，还可停供专用发票。
5、审核中发现纳税人有下列情况之一的，取消一般纳税人资格：
（1）认定为一般纳税人后1年（含）以上无销售业务的；
（2）年销售额在规定标准以下、以现金交易为主的商业企业；
（3）无固定经营场所的；
（4）连续半年以上异常申报又无正当理由的。