1.出租房屋税负较高。
其税种及税率为：营业税3%～5%、房产税4%～12%、城市建设维护税0.7%、教育费附加3%，个人所得税10%～20%，印花税1‰，不计地方性的各种收费，总体税率就近30%，如果加上土地使用税等则更高。出租房屋行业涉及税种之多、总体税率之高，给征管工作加大了难度。
2.房屋租赁关系及租金难以确定。
房屋出租行为一般十分隐蔽，房屋出租户、承租人往往只是口头商定租赁关系，没有规范的文书和账据，这是征管难的重要原因之一。
3.房产税征收形式存在问题。
目前我国房产税主要有两种征收形式，从价（价值）计征和从租（租金）计征。从价计征是依照房产原值一次减除10％~30％后的余值为计税依据，税率为1.2%.从租计征是以房屋出租取得的租金收入为计税依据，税率为12%.以房产原值作为计税依据，存在税收收入与房地产价值背离问题；而从租计征又难以把握实际租金。
4.部门之间没有构建协作机制。
目前与房屋出租管理有关的部门有公安、外来人口管理、街道、居委会、房管局和税务机关等，但是各部门之间缺乏行之有效的协作配合，不能形成齐抓共管的合力。