根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）规定，从2007年2月1日起，税务机关对符合条件的纳税人开展土地增值税清算工作。笔者结合工作实践，就土地增值税清算过程中应注意的事项归纳如下：
一、印花税扣除常见错误做法：
在计算扣除额时，将印花税作为“与转让房地产有关的税金”进行扣除，造成了印花税的重复扣除。
【正确做法】：印花税应列入企业的管理费用进行扣除，不再计入“与转让房地产有关的税金”中扣除。
【政策解析】：《财政部 国家税务总局关于土地增值税-些具体问题规定的通知》（财税[1995]48号）规定：“细则中规定允许扣除的印花税，是指在转让房地产时缴纳的印花税。房地产开发企业按照《施工、房地产开发企业财务制度》的有关规定，其缴纳的印花税列入管理费用，已相应予以扣除。”
二、评估费用扣除常见错误做法：
将评估费用一律计入扣除项目。
正确做法：视纳税人是否隐瞒、虚报房地产成交价格等隋形而决定是否予以扣除。
政策解析：《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》规定：“纳税人转让旧房及建筑物时因计算纳税的需要而对房地产进行评估，其支付的评估费用允许在计算增值额时予以扣除，对条例第九条规定的纳税人隐瞒、虚报房地产成交价格等情形而按房地产评估价格计算征收土地增值税所发生的评估费用，不允许在计算土地增值税时予以扣除。”
三、利息支出扣除常见错误做法：
将利息支出一律计入扣除项目。
【正确做法】：视情况确定，分在规定范围内据实扣除和在10％以内计算扣除两种情况。
【政策解析】：政策解析：根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》的规定，利息支出要分两种情况扣除。凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，利息支出不得单独计算，而应并入房地产开发费用中一并计算扣除。在这种情况下，房地产开发费用按取得土地使用权所支付的金额和房地产开发成本之和的10％以内计算扣除，具体比例由省、自治区、直辖市人民政府规定。
四、代收费用扣除常见错误做法：
将代收费用一律计入扣除项目予以扣除，在加计20％扣除时，未从计算的基数中剔除。
【正确做法】：首先，确定要求代收费用的主体是否是县级以上人民政府；其次，视情形决定是否作为扣除项目，且一律不得作为加计20％扣除计算的基数。
【政策解析】：根据《财政部 国家税务总局关于土地增值税-些具体问题规定的通知》的规定，对于县级以上人民政府要求房地产开发企业在售房时代收的各项费用，可以，根据代收费用是否计入房价和是否作为转让收入，确定是否扣除。如果代收费用是计入房价中向购买方-并收取的，可作为转让房地产所取得的收入计税；相应的，在计算扣除项目金额时，代收费用可以扣除，但不允许作为加计20%扣除的基数。如果代收费用未计入房价中，而是在房价之外单独收取的，可以不作为转让房地产的收入。相应地，在计算增值额对，代收费用不允许在收入中扣除。
五、计算转让部分的土地面积所占比例常见错误做法：
许多纳税人在成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产，在分项目清算土地增值税时，要分别确定“取得土地使用权所支付的金额”这一扣除项目，少数纳税人往往以转让部分的土地面积占土地使用权证上标注的土地总面积之比计算分摊。这种做法会导致少计算扣除“取得土地使用权所支付的金额”。
【正确做法】：应以实际转让土地的面积占可转让土地总面积之比计算分摊。
【政策解析】：《国家税务总局关于广西土地增值税计算问题请示的批复》（国税困[1999]112号）规定：“在计算转让土地的增值额时，按实际转让土地的面积占可转让土地总面积来计算分摊”。可转让土地面积，系开发土地总面积减除不能转让的公共设施用地面积后的剩余面积。
六、公共设施的成本费用扣除常见错误做法：
将小区居委会、会所、停车场（库）、物业管理场所、居民文体娱乐场所等公共设施的成本费用一律计入扣除项目。
【正确做法】：视其产权或转让方式等情况来确定是否扣除。
【政策解析】：根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》的规定，房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场（库）、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通讯等公共设施，按以下原则处理：（1）建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除，（2）建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除；（3）建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。
七、将房地产用于对外捐赠常见错误做法：
认为对外捐赠是一种无偿行为，因此在计算土地增值税时，一律不计收入，不申报缴纳土地增值税。
【正确做法】：仅有两种情况下捐赠房地产不缴纳土地增值税。
【政策解析】：《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第二条规定：“条例第二条所称的转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入，是指以出售或者其他方式有偿转让房地产的行为。不包括以继承、赠与方式无偿转让房地产的行为。”《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》对此作了进一步规定，指出细则所称的“赠与”指如下情况：（一）房产所有人、土地使用权所有人将房屋产权、土地使用权赠与直系亲属或承担直接赡养义务人的。 （二）房产所有人、土地使用权所有人通过中国境内非营利的社会团体、国家机关将房屋产权、土地使用权赠与教育、民政和其他社会福利、公益事业的。除这两种情况之外的捐赠行为都应计入收入缴纳土地增值税。
八、将房地产开发产品转作固定资产常见错误做法：
一律视同销售，确认收入，计算土地增值税。
【正确做法】：如果产权未发生转移，不征收土地增值税。
【政策解析】：在计算企业所得税时，根据《国家税务总局关于房地产开发业务征收企业所得税问题的通知》（国税发[2006] 31号）的规定，开发企业将开发产品转作固定资产或用于捐赠、赞助、职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他企事业单位和个人的非货币性资产等行为，都应视同销售，计算缴纳企业所得税。
在计算土地增值税时，根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》的规定，分为非直接销售和自用两种情况：如果房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产。如果将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，产权未发生转移，则不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。
九、进行房地产的交换常见错误做法：
交换双方都不确认收入，不缴纳土地增值税。
【正确做法】：交换双方都应作为一种实物收入，申报缴纳土地增值税。
【政策解析】：根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》的规定，纳税人转让房地产所取得的收入，包括货币收入、实物收入和其他收入。通过房地产交换，交换双方都取得房产这一实物形态的收入，应属于土地增值税的征税范围。值得注意的是，根据《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》的规定，对个人之间互换自有居住用房地产的，经当地税务机关核实，可以免征土增值税。
十、以房地产作价入股进行投资或联营常见错误做法：
一律不缴纳土地增值税。
【正确做法】：所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，应缴纳土地增值税。
【政策解析】：《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》规定：“对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地（房地产）作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税。”2006年，《财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006] 21号）中对这一条款作了补充规定，对于以土地（房地产）作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》第一条暂免征收土地增值税的规定。