社会保险基金会计，既不是企业会计，也不是预算会计。这两类会计的核算方法都不能完全适用社会保险基金会计。如企业的会计要素一般划分为资产、负债、所有者权益、成本等，而所有者权益和成本就不适用于社会保险基金会计；再如预算会计，目前的体制差异就更大，从即将实施的事业单位会计来看，经费的收支核算，也不适用社会保险基金会计。社会保险基金会计有它的独特之处。
1.一个经济实体，两个或两个以上的会计主体。一般情况下，一个经济实体内只有一个会计主体，如一个公司一套帐，对外报送一套会计报表。而社会保险基金及经办机构则不同，基金经办机构是经济实体，但是，社会保险基金会计与基金经办机构会计必须分设，不能混在一起。
2.会计平衡公式为“资产＝负债＋基金”，这是社会保险基金会计的一个重要特点。会计核算中会计平衡公式一般为“资产＝权益”，或“资产＝负债＋所有者权益”，或“资产＝负债＋净资产”。除去公式中的资产、负债，实际上是所有者权益、净资产、基金等会计概念的选择。我们认为，“资产＝负债＋基金”的会计平衡公式更能确切反映社会保险基金的特色。所以，会计核算中采用了上述会计平衡公式。
3.银行存款设“收入户”、“支出户”。这是社会保险基金会计的又一特点，每个单位都要在银行开户，并设置“银行存款”帐户进行核算，这似乎不是一个什么问题，但社会保险基金的银行存款的设置有它与一般企业单位不同之处。一般企业单位在银行的帐户既可以收也可以支，具有结算功能，而基金会计核算办法规定，收入户核算收到的养老保险基金及有关收入，该户除按期将养老保险基金划入财政专户存款外，一般只收不支；支出户核算养老保险基金的支付及有关费用支出，该户除从财政专户存款中拨入款项外，一般只支不收。此外，基金还设置了“财政专户存款”帐户。这个经济业务是社会保险基金所持有的，这也是我国为加强预算外资金管理，采取的一个强有力的手段。为了保证社会保险基金的安全、完整，有计划地收缴与发放，防止挪用、侵蚀基金，财政部门将社会保险基金视同财政资金纳入预算进行管理，规定社会保险基金应存入财政专户中。
