在对基层行政事业单位的经常性审计发现，基层行政事业单位会计核算中存在的问题主要表现以下几个方面：
1、会计机构设置简单、专职会计人员少
由于受经费和人员限制，一些基层行政事业单位会计机构设置简单，缺乏必要的内部稽核制度，有些单位会计人员只有一人，即是会计又是出纳，既管帐又管钱，会计核算缺乏必要的监督，出现了会计帐薄不健全，会计科目设置简单的现象。
2、内控制度不严
由于基层行政事业单位会计人员少，分工不细，内控制度薄弱，制度执行带有随意性，存在坐支收入，大额付现，不合规票据列支等较为普遍的违规现象。
3、固定资产管理问题严重
一些基层行政事业单位不重视固定资产的管理，对资产的购置、核销、登记、保管无明确的制度，对新增和减少的固定资产不能及时建帐和核销，造成单位财产不清，家底不明，固定资产流失严重。
上述问题的存在，不利于基层行政事业单位的发展，因此加强基层行政事业单位核算管理也是真正执行《会计法》的必要措施。为此，审计建议：
1、 建议行政主管部门加大公共财政支出改革力度，完善会计核算制度，扩大单位范围，尽可能地把基层行政事业单位的财务工作纳入会计结算中心统一核算，同时强化核算职能，改变结算中心只核算不监督和服务弊端。
2、 基层行政事业单位要根据需要设置会计机构，建立内部稽核制度，记账人员与经济业务事项和会计事项的审计人员，财务保管人员的职责权限应当明确，并相互分离，相互制约。
3、要不断提高会计人员的素质，抓好会计人员的继续教育培训工作，引进竞争机制，加强对会计人员的监督和考核，实现会计人员持证上岗。
4、 加强基层单位的固定资产，建立完善的固定资产管理制度和实物资产备查帐，实行专人负责，避免国有资产的流失。
