1.改制企业土地的处理
在企业改制中，国有企业土地处置是经常遇到的一个问题。按照现行规定，企业实行公司制改建，对占有的国有划拨土地应当进行评估并按照土地主管机关的规定履行相关手续后，共有三种处理办法：一是采取作价入股方式的，评估后将国有土地使用权作价投资，随同改建企业国有资本一并折股，增加公司制企业的国有股份；二是采取出让方式，由公司制企业购买国有土地使用权，按照规定支付土地使用权出让金；三是采用租赁方式，由公司制企业租赁使用，按照规定支付租金。
有的企业在改制时，土地处置方案存有缺陷，这就给会计处理带来一些问题。例如，某企业经评估行政划拨土地总价5000万元。经主管财政部门批准，土地按以下政策处置，其中：土地总价的20％计1000万元作为新公司的国有股本，土地总价的30％计1500万元作为新公司的国有独享资本公积，土地总价的30％计1500万元作为新公司股东的共享资本公积，土地总价的20％计1000万元由新企业缴纳土地出让金。这里产生了三个问题：一是同一土地的“一女二嫁”，既作为投资，又作为新设企业受让；二是土地单项资产的折股比例与其他资产折股比例不一；三是作为独享资本公积的土地是否摊销，摊销了则侵犯其他股东的权益，不摊销又不符合《企业会计制度》的规定。
在企业改制中，有的地方政府收回原地处城市中心的国有企业土地。在其支付的价款中，可能含有国有企业职工安置款、国有企业经营亏损补贴。对此，改制企业应当在收到土地转让价款时，将国有企业职工安置款、国有企业经营亏损补贴计算并先予以扣除后，余额与账面土地价值差额作为营业外收支处理。此外，对于改制企业原国有企业职工安置款，一般应在改制方案中明确，从国有净资产中预先抵扣，留作其他长期负债，用于职工安置。
2.资产评估基准日至重组完成日或改制完成日实现净利润的归属问题
资产评估基准日至资产重组完成日或公司改制完成日实现净利润的归属，一直是会计实务界探讨的问题。例如，某公司为实施集团内部资产的战略性调整，盘活集团的存量资产，进一步发展壮大公司的实力，提高市场竞争力和抗风险能力，拟进行资产重组。公司资产评估日为2004年6月30日，完成资产重组日为2004年11月30日。公司自2004年1月1日至11月30日实现的净利润为500万元，其中，2004年1月1日至2004年6月30日实现的净利润为300万元，2004年7月1日至2004年11月30日实现的净利润为200万元，上述会计报表均已经会计师事务所审计。这一实例的会计核心问题是：基准日至资产重组完成日之间实现的净利润归属，是老股东所有还是新老股东共享。一般情况下，由资产重组方案决定。
这个问题类似一般企业资产评估日至改制完成日实现净利润的归属处理。对非上市公司而言，可以参照上市公司的有关规定处理。中国证监会发行监管部《股票发行审核标准备忘录第一号》中指出：“九、关于评估基准日至公司设立日期间已实现利润的分配问题。公司应在会计报表附注的‘其他重要事项’中披露评估基准日至公司设立日期间公司已实现利润的分配情况。如果上述期间实现的利润已分配给发起人的，且自评估基准日起存货、固定资产、无形资产等资产未根据评估价值进行成本结转或调整折旧或摊销计提数的，公司应当说明上述利润分配是否会导致发起人出资不实，影响公司资本保全；并明确由此产生出资不实或影响资本保全的责任及具体解决办法。”不过这部分利润由新老股东共享，比较公平合理，也较容易为股票发行审核委员会审核通过。 需要注意的是，国有企业改制还有特别要求。财政部有关文件规定，原国有企业改制，自评估基准日到公司制企业设立登记日的有效期内，原企业实现利润而增加的净资产，应当上缴国有资本持有单位，或经国有资本持有单位同意，作为公司制企业国家独享资本公积管理，留待以后年度扩股时转增国有股份；对原企业经营亏损而减少的净资产，由国有资产持有单位补足，或者由公司制企业用以后年度国有股份应分得的股利补足。
3.自然人折价购买股份的会计处理
某公司改制基准日为2004年12月31日，经评估改制基准日净资产为5000万元。改制方案中规定：公司股本总额为7000万元，其中国家股5000万元，由集团持有并以2004年12月31日公司净资产出资；公司持股会出资1000万元，以公司账面结余应付工资余额转入；公司自然人（主要是经营者和业务骨干）出资1000万元，以90％的折股比例用现金投入。这就引发以下三个问题：（1）个人折价入股符合企业改革精神，有利于调动个人参与改革的积极性，但不符合《公司法》规定。《公司法》第81条规定：“国有企业改建为股份有限公司时，严禁将国有资产低价折股、低价出售或者无偿分给个人”。《公司法》第131条规定：“股票发行价格可以按照票面金额，也可以超过票面金额，但不得低于票面金额。”（2）自然人折价购买股份，与资本确定原则相违。资本确定原则要求公司在设立的时候，必须在章程中对公司的资本总额作出明确规定，并必须由股东全部认足，否则公司不能登记成立。（3）折价认股的会计处理会存在一些问题，如果按照实收现金数额计作股本，则实收股本数与营业执照核定数有差距；如果按照作价数额作股本，那么势必出现资本公积红字。从会计角度，自然人折价入股不是一个好方案。比较可行的办法是，自然人平价出资，公司另行奖励，奖励支出报经批准在费用中列支。