概括起来， 追查“小金库”有如下八种方法：
一是账面查疑法
查账时要注意两种倾向的账目。一种是记录混乱，账证不符，账实不符，加总账有误，记录不完整，收支凭证内容不合法，手续不健全，甚至有涂改、挖补、伪造的凭证等。可运用核对法，进行账实核对、明细账与总账核对，看“小金库”是否存在。
另一种是记载过于规范的账目，账面上毫无违纪，甚至连一笔招待费都没有。有的是笔迹笔划一致的誊抄账。这类账可能是假账，假账背后就有“账外账”或“小金库”问题。检查方法同查混乱账目相同，但重点是对账外收支项目的检查。
账面查疑还要注意账面上违反常规的奇异问题，包括奇异的数字金额，奇异的时间、地点，奇异的收支事项等。例如，账面上有司机工资支出而没有车辆购置费、维修费、油料费，没有生产经营项目的单位出现了生产经营费用，甚至有些单位无建筑项目而发生建筑材料购置等，这些奇异问题的背后可能就隐藏着“小金库”。
二是层层剖析法
仅从被查单位账目上难以发现“小金库”，一定要对有疑点的收支项目分类排队，采用抽样延伸的方法，从可疑科目到其下属单位、被管理单位、被收费罚款单位以及发生业务较多的单位，层层剖析，使被查单位存在的收入不入账、虚列支出、虚拨款项等问题原形毕露。
三是突击盘库法
在被查单位无准备情况下，用突击方式盘点其全部金库，并与现金日记账、银行存款日记账及总账核对。发现库存现金与账面余额不符，应当查明原因。若库存现金数大于账面余额，又不能说明正当来源，就是账外“小金库”。若库存现金数小于账面余额，查询去向不明，则可能为贪污或挪用。此外，还要注意检查充抵库存现金的借条、现金支票、支票存根及发生时间编号、银行存款折、记事本等。发现疑点应进一步追查收付款凭证，支票手续是否健全，内容是否合规合法，时间编号是否顺序相联。若在这些环节上发现了账外资金的证据，则说明可能存在“小金库”。
四是处置及出租资产追踪法
单位处置淘汰的办公用具、家具、设备、交通通讯工具及其他废料、残次品、包装物、副产品、低值易耗品、更新替换下的固定资产处理残值、出租闲置的固定资产等收入往往易被忽视，或因疏于管理流人个人腰包，或因单位故意作弊，收入不入账，充填“小金库”。因此，对这类资产应作为检查的主要内容，从购进使用追踪到处置、出租，一追到底。发现收入不入账，就说明存在“小金库”或贪污问题。
五是票据抽查法
单位的收支票据凭证应全部记账，有存根联、发票联，有的还有出、入库联，并按顺序编号。抽查票据时若发现收入不入账，各联数额不一致，大头小尾，缺页少号等问题，就可能有隐瞒收入、设“小金库”或虚报冒领等问题。
六是银行对账法
要求被查单位提供基本存款账户，专用存款账户，临时存款账户等。结合银行存款项、银行对账单，进行查询核对。若发现银行存款项与实际存款数额有差异时，应进一步追查原因。实际存款数大于账面余额又不能说明正当理由的，就可能是“小金库”。此外，查询时，还应特别注意以单位财务人员、法定代表人的名义或奇异的代名代号的存款，若其收支频繁，数额较大，也可能是公款私存的“小金库”。
七是成本分析法
成本被称作是企业调整利润的“蓄水池”，隐瞒收入的“避风港”，为谋取本单位利益，截留收入，填充“小金库”资金，其手段之一就是多摊乱挤成本。因此，应进行成本分析，检查企业是否严格按规定核算产品成本、正确计算收入，看其是否存在用收入填充“小金库”或舞弊贪污等问题。分析采购成本时，要注意其在原、辅材料采购中，有无舍近求远、舍优求劣、高价购劣、多支付运杂费、包装费等问题；分析生产成本时，重点是查固定资产折旧的计提方法是否一致，计算是否正确，原辅材料费、燃料动力费、工资福利费、企业管理费等支出是否合法合理，各期配比是否大体一致，如某项费用某一时期出奇的高，则应查明原因；分析销售成本时，除检查销售费用开支外，还要检查销售折扣、折让是否真实合法，销售退货是否验收入库和进行账务处理。
八是产量推算法
有的生产性企业以少报产量，做假账等手法，隐瞒收入、偷漏税、设立“小金库”。对于这类企业可根据其生产规模、生产能力、开工时间、原材料耗量、电力动力消耗量以及管理费用消耗量等指标，比照同类企业和被查企业不同年度的生产情况，综合推算其产量。正常情况下，这些指标的配比应在一定的合理范围内。若被查企业账面反映的产量与实际推算产量差异较大，指标配比异常，就说明该企业可能存在少报产量隐瞒收入、偷漏税、私设“小金库”等问题，应进一步查证核实。