结算备付金是指证券公司为证券交易的清算交割而存入指定清算代理机构的款项。为分别反映公司为进行自营证券交易等业务的清算交割而存人指定清算代理机构的款项和公司代理客户进行证券交易等业务的清算交割而为客户存人指定清算代理机构的款项，“结算备付金”科目应设置“公司”和“客户”两个明细科目。
证券公司将款项存人清算代理机构，借记“结算备付金”科目，贷记“银行存款”科目；从清算代理机构收回资金，借记“银行存款”科目，贷记“结算备付金”科目。
[例]强盛证券公司为进行自营证券业务而存人指定的清算代理机构8 000 000元，为客户代理买卖证券而存人指定的清算代理机构10 000 000元。
借：结算备付金——公司 8 000 000
——客户 10 000 000
贷：银行存款 18 000 000
公司接受客户委托，通过证券交易所代理买卖证券，与客户清算时，应分别以下两种情况进行账务处理：
1.如果买人证券成交总额大于卖出证券成交总额，按清算日买卖证券成交价的差额，加代扣代交的交易税费和应向客户收取的佣金等手续费，借记“代买卖证券款”科目，按公司应负担的交易费用，借记“手续费支出——代买卖证券手续费支出”科目。按买卖证券成交价的差额，加代扣代交的印花税费和公司应负担的交易费用，贷记“结算备付金——客户”科目，按向客户收取的佣金等手续费，贷记“手续费收入——代买卖证券手续费收人”科目。
2.如果卖出证券成交总额大于买人证券成交总额，按清算日买卖证券成交价的差额，减代扣代交的印花税费和公司应负担的交易费，借记“结算备付金——客户”科目，按公司应负担的交易费用，借记“手续费支出——代买卖证券手续费支出”科目。按买卖证券成交价的差额，减代扣代交的交易税费和应向客户收取的佣金等手续费，贷记“代买卖证券款”科目，按应向客户收取的佣金及过户等手续费，贷记“手续费收入——代买卖证券手续费收入”科目。
[例] 强盛证券公司某日清算结果，共代理客户买进证券150 000元，卖出证券200 000元，印花税率0.2％，证券公司应负担的交易费用为35元，应向客户收取的佣金为1 225元。与客户清算时，应作会计分录如下：
借：结算备付金——客户 49 265
手续费支出——代买卖证券手续费支出 35
贷：代买卖证券款 48 075
手续费收入——代买卖证券手续费收入 1 225
公司在证券交易所进行自营证券交易并清算时，应分别以下两种情况进行账务处理：
1.公司买人证券时，按清算日买人证券的实际成本（包括买入股票的成交价，加上交纳的经手费、过户费、证管费、印花税等各项费用），借记“自营证券”科目，贷记“结算备付金——公司”科目。
2.公司卖出证券时，按清算日实际收到的金额，借记“结算备付金——公司”科目，贷记“证券销售”科目；结转已售证券成本时，借记“证券销售”科目，贷记“自营证券”科目。
[例]强盛证券公司20×2年5月购买海华公司股票2 000股，实际成本：20 000元，应作会计分录如下：
借：自营证券——海华股票 20 000
贷：结算备付金——公司 20 000
10月，公司售出该批股票，实际收到金额30 000元：
借：结算备付金——公司 30 000
贷：证券销售 30 000
结转自营股票实际成本：
借：证券销售 20 000
贷：自营证券——海华股票 20 000
期末编制资产负债表时，“结算备付金”账户的期末余额应在资产负债表上列为“结算备付金”项目，并在该项目下单独列示代理客户买卖证券备付金的余额。