国有企业进行公司制改建时，通常面临应付工资、应付福利费和职工教育经费余额怎样处理的敏感问题。对此，2005年1月26日，财政部曾经针对2002年制定的《企业公司制改建有关国有资本管理与财务处理的暂行规定》（财企[2002]313号）作出补充通知（即财企[2005]12号），明确规定将应付工资余额区分为拖欠工资和工资基金结余两种情况分别处理。但是，各地方、各企业以及职工个人仍然存有一些疑问。针对这种情况，财政部近日印发了《关于企业公司制改建应付工资等余额财务处理的意见》（财办企[2006]23号），对相关财务处理进一步提出了处理意见，具体包括以下三项内容：
一、企业应付工资余额包含应发未发工资与属于实施“工效挂钩”等分配办法提取数大于应发数形成的工资基金结余两个部分，前者是按照企业内部工资奖金分配办法应当支付给职工却没有支付而形成拖欠的工资，后者是按照计划经济管理方式留存企业的国有资本积累。企业在公司制改建时，对应发未发工资应积极予以清偿，对工资基金结余应转为资本公积金。按工资总额一定比例提取的应付福利费及职工教育经费，其余额也随同工资基金结余一并转为资本公积金。
企业在公司制改建中，应付工资等余额转增的资本公积金作为改建企业国有净资产的组成部分，应当统筹安排，用于支付解除劳动合同的职工经济补偿金、为移交社会保障机构管理的职工一次性缴付的社会保险费以及预提的符合国家政策规定内退人员所需生活费、社会保险费等改革成本。如有结余，再按规定折合为国有股份，或者向企业员工及其他投资者有偿转让。
二、改建企业应当规范操作，严格界定应发未发工资与工资基金结余的界限，并在评估作价之前作好相关账务调整工作。
企业在《财政部关于〈企业公司制改建有关国有资本管理与财务处理的暂行规定有关问题〉的补充通知》（财企[2005]12号）下发之前已完成公司制改建，且结余的工资基金、应付福利费及职工教育经费当时未结转资本公积金的，现有余额应当向原国有股东作出清偿后核销相应负债，或者将其转作国有独享资本公积金，留待以后增资扩股时转增国有股份。
三、已经改建为有限责任公司的企业，再变更为股份有限公司时，应付工资等余额的财务处理，可以比照国有企业进行公司制改建的财务处理原则执行。