购进商品发生短缺，先按实收数入库，将短缺数和相应的进项税额一起转入“待处理财产损溢”账户，查明原因后再分别情况进行处理。如系供货单位少发，要求对方补货或退款；如系运输部门或有关经办人员责任事故，向对方索赔，转入“其他应收款”账户；如系自然损耗，作为商品损耗处理；如系意外事故，作非常损失处理。
例：设上例验收时发现短缺20千克。
1.承付货款及运费时，作会计分录如下：
借：商品采购——食品组 10 000
应交税金——应交增值税（进项税额） 1 750
经营费用——进货运费450
贷：银行存款 12 200
2.商品运到，按实收数入账，原因待查，作会计分录如下：
借：库存商品——食品组 13 478.40
待处理财产损溢400.00
贷：商品采购——食品组 10 000.00
商品进销差价 3 878.40
上项会计分录有关资料如下：
| 购进价 进项税 零售价 销项税 毛利 |
| 付款数 10000元 1700元 12000元 2040.00元 2000元 短缺数 -400元 -480元 -81.60元 -80元 |
| 合计 9600元 1700元 11520元 1958.40元 1920元 |
库存商品=11 520+1 958.40=13 478.40（元）
商品进销差价=1 920+1 958.40=3 878.40（元）
待处理财产损溢=400（元）（借方）
3.经查明上项短缺商品中10千克系供货单位少发，经联系由对方补发商品，商品已收到。另10千克系运输部门责任事故，应由其赔偿。
借：库存商品——食品组 280.80
应交税金——应交增值税（进项税额） 34.00（红字）
其他应收款——运输部门 234.00
贷：商品进销差价 80.80
待处理财产损溢 400.00