《增值税暂行条例》规定，非正常损失的购进货物和非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务的进项税额都不得从销项税额中抵扣，已经抵扣的进项税应予转出。笔者就各类存货发生损失后其相关进项税是否转出的问题分析如下。
一、不论是否为正常损失的存货，全部以生产领用或结转销售成本的名义打入生产成本或销售成本，从企业账面看不出报损的问题，这样，即使是非正常损失的存货，其进项税也不用转出，从而达到多抵扣增值税的目的。笔者认为，这样处理的结果从表面上看是掩盖了存货损失，特别是非正常损失的问题，但实际上也掩盖了存货管理中存在的问题，不利于企业对存货的日常规范管理，容易造成对资产管理的混乱，而且如果其中有非正常损失，则容易造成偷税。
二、不论是否为正常损失的存货，其相关的进项税额均不能从销项税额中抵扣，企业在办理存货报损会计处理时，同时将已抵扣的相关进项税全部转出。造成该情形的原因主要有两种：1.由于税务部门对非正常损失进项税转出的管理非常严格，常常不分正常损失还是非正常损失，只要发生存货报损，如果企业不主动作进项税转出，被检查出后要给予企业一定的税务罚款。2.由于判断正常损失和非正常损失的标准缺失，一些企业不知道税务部门究竟按什么标准判断正常损失还是非正常损失。因此，从谨慎性考虑，这些企业就不管什么原因，对发生的存货报损一律将其中的进项税主动转出，以避免不必要的麻烦。但是，这样处理的结果很可能将正常损失的存货中相关的进项税额一并转出，造成企业多缴税，增加了企业税负。
三、不论是否为正常损失的存货，只要金额不是很大，企业均认为属正常损失，其已经抵扣的进项税额均不予转出。造成此情形的原因主要是由于税法本身对正常损失和非正常损失的判断标准未能予以明确，而且在日常税务征管中，税务部门常常以企业实际执行的标准来判断存货损失的正常与否，这实际上给企业在划分存货正常损失与非正常损失的问题上留有一定的自主权。由于企业对发生的存货损失倾向于认定为正常损失，使得相关报损存货常常被认定为正常损失，这就可能存在扩大正常损失的范围，容易造成非正常损失存货中的进项税额没有转出。这样处理的结果不仅不利于企业自身对资产的严格管理，而且也不利于税收征管，不利于税收的严肃性，很容易造成偷税。
四、对实际上已经发生非正常损失的存货，只要还可以对外廉价变卖，企业就对外廉价变卖，并按照正常结转销售收入和销售成本的方法来掩盖已经发生的非正常损失，从而不将其中的进项税额转出。造成此情形的主要原因是错误理解或故意歪曲了税法的规定，将已经发生非正常损失并应作进项税转出的存货，不按照正常处理损失的程序进行相应的会计处理。实际上，税法已有明确规定，只要是非正常损失的购进货物和非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务，其进项税额均不得从销项税额中抵扣，不管企业是否对所损失的存货进行了处理及如何处理，即使对外销售，也只能抵扣取得变卖收入部分的相应进项税额。因此，笔者认为，该情形实际上是一种偷税行为。
从上述四种情形不难看出，企业在处理非正常损失时如果故意混淆了正常损失和非正常损失，就是要掩盖非正常损失，有偷逃税的可能。