1、很难避免非法侵扰。网络是一个开放的环境，在这个环境中一切信息在理论上都是可以被访问到的，除非它们在物理上断开连接。因此，网络下的会计信息系统很有可能遭受非法访问甚至黑客或病毒的侵扰，一旦发生将造成巨大的损失。
2、电子商务给内部控制出难题。随着电子商务的迅猛发展，网上交易愈加普遍，可以想象在不久后企业的全部原始凭证都将成为数字格式，这加强了企业对网上公证机构的依赖。但直到目前相应的技术和法规还远没有达到完善，这也给系统的内部控制造成困难。
3、内部稽核难度加大。若要信息系统进行审核，则必须克服下列几项问题：企业可能会担心相关内部资料暴露于外，影响其竞争能力；稽核必须运用更复杂的查核技术，会计师必须培训具备复杂电脑资料处理能力，定能胜任此项工作；稽核将大幅增加查核所需的时间与成本。
4、网络环境下无形资产转移难以控制。无形资产是一种动态资产，如人力资产的转移无须借助外界的力量即可发生，在利益机制的驱使下在网上很容易转移。
