1. 建立公积金账目。由于归集账户属于单位账户，财务核算应该如实反映单位的全面财务情况，因此，归集账户应当进行会计核算。防止资金从结算户划出后不再过问的现象发生，但是该项资金又不像单位的其他资金一样，可以自行支配和使用，归集账户资金的核算具有其独特之处，资金的动用必须满足国家和地方的有关规定，因此，归集账户的会计核算可以与单位的核算合并处理。
2. 账套的设置。从业务看，一方面既要反映单位银行存款的变动，一方面也要反映职工个人账户资金的变动。
当单位从结算账户划款到归集账户时，从职工个人工资代扣部分借记“其他应付款——代扣个人住房公积金”，单位记入费用的部分，借记“管理费用一社会保障费”（行政事业单位记入“事业支出”等），贷记“银行存款——结算账号”；当银行根据单位提供的缴款通知书将归集账户资金划拨到个人账户时，单位借记“银行存款——归集账号”，贷记“其他应付款——个人账户”；
职工由外单位转入时，依据银行提供的结算单，单位借记“银行存款——归集账户”，贷记“其他应付款——个人账号”
职工转出时，依据银行提供的结算单，借记“其他应付款——个人账户”，贷记“银行存款——归集账号”
按照政策规定，职工个人使用住房公积金时，依据银行出具的结算单，单位借记“其他应付款——个人账户”，贷记“银行存款——归集账户”。
结算利息时，依据银行提供的利息单，借记“银行存款——归集账户”，贷记“其他应付款——个人账户”
期末“银行存款——归集账户”和“其他应付款——个人账户”总量余额是相等的。单位可以通过以上核算过程，全面反映单位以及职工住房公积金业务的过程，从而实现会计反映单位经济事项的真实性和完整性。
3. 有关公积金年度与计算基础。目前的公积金年度为每年7月1日至次年6月30日，然而预算单位的拨款年度为每年的1月1日至次年的12月31日，各地在公积金年度开始时，还要调整公积金具体的计提比例。这样一方面会形成预算单位住房公积金拨款预算、决算的不一致性，另一方面由于工资调整往往发生在下半年，以及年度奖金因素，也会造成职工年度工资等个人所得与公积金不成比例。为改变该类问题的发生，可以采用单位个人所得税计税所得额来确定住房公积金的扣缴，防止发生同样是职工的交扣事项，计算基础却各式各样、五花八门的问题。公积金年度与公积金计算基础的调整和一致与否，不影响单位公积金账目的设立和核算。
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